Однако вначале его возможности в этом направлении были ограниченны. Летом 1920 г. он переводится в Киль, где в течение двух лет несет службу в должности старшего офицера в составе военно-морской базы флота в Балтийском море. В 1922 г. он стал старшим офицером крейсера «Берлин». Эта служба, во время которой Канарис в 1923 г. получил повышение в звании и стал капитаном 3-го ранга, продолжалась два года. «Берлин» был учебным крейсером для морских кадетов. Среди этих кадетов был Гейдрих, ставший позднее начальником главного управления службы безопасности Германии.
Если мы теперь оглянемся на годы, прошедшие со времени возвращения Канариса из Испании в 1917 г., то констатируем, что многочисленные истории о нем, где его жизнь представлена как непрерывный ряд более или менее сомнительных авантюр и предприятий разведки и шпионской службы, не имеют ничего общего с истиной, а являются вымыслом. В действительности после интермеццо в «мадридском тылу», где его деятельность тоже имела мало общего с действительным военным шпионажем, а скорее была в первую очередь направлена на обеспечение снабжения для подводных лодок и надводных вооруженных сил, участвовавших в войне против торгового флота, Канарис долгое время не сотрудничал с разведкой. Его карьера была карьерой особо одаренного и дельного молодого офицера и осуществлялась попеременно на службе в штабах и на борту корабля. Канарис везде работал с пылом. Его интерес к восстановлению морского флота далеко выходил за рамки службы. Он вынашивал планы, как обойти положения мирного договора, которые мешали Германии иметь сильный флот. Он вел оживленную переписку со старыми товарищами, которые ушли с флота, выйдя в отставку, и были заняты в новых сферах деятельности: в торговом флоте, в индустрии, в политике. Он старался хоть как-нибудь использовать их привязанность к флоту. Он принимал активное участие во всех усилиях — за пределами Германии, вне сферы досягаемости для контрольных комиссий Антанты, — направленных на продолжение теоретической и практической исследовательской работы, особенно в области подводного оружия, в надежде, что однажды все же наступит день, когда германский морской флот сможет извлечь из этого выгоду. Канарис участвовал в различных проектах постройки подводных лодок по немецкому образцу в Голландии, Испании и Финляндии — или, по меньшей мере, знал об этих проектах Не все товарищи и начальники того времени были согласны с такой активностью, но, с другой стороны, было бы уместным заметить, что при этом речь шла не о частной инициативе отдельных офицеров, напротив — высшие инстанции в руководстве морским флотом и в министерстве вооруженных сил, а также в политическом руководстве Германии, по крайней мере, в общих чертах были обо всем информированы и со всем согласны. И здесь Канарису впервые пригодились связи, налаженные в Испании. Он с большим пылом использовал их для выполнения задачи, которую считал важной.
