В Москве, узнав о казни своего предводителя, «батюшки», Ивана Хованского, вооруженные стрельцы в ярости заняли Кремль, захватили патриарха Иоакима и, пропьянствовав всю ночь, стали решать, идти ли им против толпы бояр или ждать штурма на месте. Со всех сторон к ним слетались тревожные новости: шпионы Софьи подняли всю страну против виновников волнений, большая армия дворян вместе с их крепостными готовилась атаковать столицу. Письмо царевны патриарху, перехваченное восставшими, подтверждало эти слухи. Внезапно надменность стрельцов сменилась ужасом и слезами. Те, кто хотел господствовать на Руси, теперь могли надеяться только на великодушие регентши. Они направили ей представителей, чтобы уверить ее в их покорности, и молили патриарха Иоакима вступиться за них. Три тысячи стрельцов отправились в дорогу вместе со своими семьями в монастырь Троице-Сергиевой лавры, где Софья уже ждала их. Она приняла делегацию 27 сентября рано утром, в отсутствие царей, но в окружении бояр. Пока жены стрельцов голосили о разорении и рвали одежду у себя на груди, сами виновные упали на колени перед царевной. Митрополит, отправленный к ней патриархом Иоакимом по просьбе бунтовщиков, просил Софью проявлять благородство. Она вняла его совету не из милосердия, но из осторожности – нельзя приводить в отчаяние побежденных. Это даст ей возможность насладиться реваншем. Сидя на троне перед стрельцами, Софья объявила им, что она согласна больше не говорить об этом. Но она поставит одно условие: необходимо, чтобы стрельцы вернули оружие, похищенное из Арсенала, чтобы они отказались совершать аресты без личного приказа государей и чтобы дали клятву не поднимать никогда впредь мятежи против государственной и церковной власти. Почетный титул «надворной пехоты» будет у них отобран за безнравственное поведение. Позорный столб, сооруженный на Красной площади, будет разрушен, а наименее крепкие полки будут сосланы нести службу в приграничные города.
6 ноября 1682 года оба царя и регентша с боярами в сопровождении более десяти тысяч человек вступили в умиротворенную Москву. Стрельцы получили приказ в этот день явиться без оружия, пасть на колени и бить челом во время прохождения царского кортежа. Порядок был восстановлен. Софья торжествовала. И маленький Петр, наблюдая согнутые спины по обе стороны улиц, оценил благоприятный эффект жесткости в подавлении народного вооруженного восстания. Подавить мятеж в крови и осыпать милостями оставшихся в живых, как только опасность минует. Этот урок юный царь будет вспоминать потом всю жизнь. С раннего детства его преследовали ужас, насилие и ложь. Среди враждебного окружения только его мать оставалась безучастной к дворцовым интригам. Но она жила в мечтах. А у Петра было неутолимое желание действовать, командовать, создавать, как и у его сводной сестры Софьи, которую он боялся и ненавидел. На самом деле, едва обосновавшись в Кремле, она приняла безапелляционное решение: Иван останется во дворце рядом с ней, а Петр уедет вместе с матерью в село Преображенское.
