В Шотландии опять появились две силы: регент Морей и Мария Стюарт, объявившая свое отречение от престола недействительным, так как ее силой вынудили к этому. Но она торопилась и не могла ждать, пока соберутся все силы, и потому ее небольшое войско в мае 1568 года в окрестностях Глазго потерпело поражение. При одной только мысли, что она снова окажется в руках врагов, Марию Стюарт охватил ужас, и она двинулась на юг Шотландии, а оттуда в Англию, хотя окружающие и отговаривали ее от этого. Но королева не поверила их доводам, ведь последние письма Елизаветы I к ней дышали таким участием и такой искренней дружбой.
В Англии шотландской королеве предоставили резиденцию в замке Болтон, располагавшемся неподалеку от границы с Шотландией. Условия содержания Марии Стюарт были здесь приличными, но «свободой» назвать это было никак нельзя. Для Англии было очень опасно выпускать Марию Стюарт из рук, но и держать ее в стране тоже было опасно. Во-первых, освобождения шотландской королевы требовали Франция и Испания, хотя и не очень настойчиво, чем и воспользовалась английская королева. В самой Англии в то время число католиков было очень велико, права Марии Стюарт на английский трон были им известны, поэтому они надеялись на реставрацию в стране католицизма. В силу этих обстоятельств в Англии стали организовываться заговоры для освобождения шотландской королевы. Чтобы избежать опасностей, которые возникли из-за пребывания в стране Марии Стюарт, лучше всего было бы вообще устранить ее.
И английское правительство стало откровенно третировать Марию Стюарт как пленницу, которая, кроме враждебного к себе отношения, ничего более не заслуживает. После каждого неудавшегося заговора заключение ее становилось все ужаснее. Свиту шотландской королевы ограничили всего до нескольких слуг; Марию Стюарт переводили из одного замка в другой в глубь Англии, и с каждым разом помещение ее становилось все теснее и теснее. Королеве приходилось довольствоваться двумя, а то и одной комнатой, окна которой всегда были забраны решетками. Связи ее с друзьями затруднялись, а потом Мария Стюарт и вовсе лишилась возможности вести переписку. У нее отняли лошадей, и она могла совершать прогулки только пешком, причем в сопровождении 20 вооруженных солдат. Прогуливаться под такой охраной Мария Стюарт не хотела и потому почти все время оставалась в комнате. От сырости помещений, в которых приходилось сидеть, у нее развился ревматизм, не говоря уже о нравственных страданиях: сожаление о минувшем, безнадежность будущего, одиночество, опасения за свою жизнь, которая могла прекратиться каждую ночь от рук подосланного убийцы… От энергичной, гордой и смелой Марии Стюарт, полной королевского достоинства, за годы заключения осталась одна тень. В письмах ее к Елизавете I уже отсутствует тема независимости Шотландии и прав на английский престол; в них звучит мольба несчастной женщины, которая далека от всяких притязаний и уже не помышляет о восстановлении своей власти и возвращении в Шотландию. Да и что ей там делать и что искать, если родной сын оставался равнодушен к ее судьбе? И она просит только одного: чтобы ей разрешили уехать во Францию, где бы она могла жить как частное лицо.
