Однако Эрик XIV не хотел подписывать этих условий, и тогда его свергли с престола и заключили в крепость Грипсхольм, где в свое время сидел его брат Юхан. Короля отвели сначала в его собственную комнату, но потом перевели в другую – с железной решеткой, где его охраняли самые злейшие его враги. Отсюда Эрик XIV посылал много писем своему брату и его супруге, прося о милосердии. В одном из них он писал, что «не ропщет, что жизнь, которую ему должно было сохранить среди столь многих опасностей, предоставлена ему для бедствия и поругания», что брат его, хотя сам много пострадал во время своего заключения, хочет теперь воздать злом за зло… В другом письме король жаловался, что «единственный служитель его, врач Бенгт, а равно и повар его, у него отняты», отчего он с женою и детьми должен терпеть голод и бедствие…
В своих письмах Эрик XIV никогда не называл брата Юхана королем, присваивая ему только титул наследного принца и государственного правителя. В письме к невестке просил ее ходатайствовать о них перед супругом и притом не забывать, сколь непостоянно счастье и как часто короны сменяются на узы. Однако все эти послания не изменили участи Эрика XIV, и в середине января 1569 года государственные чиновники начали решать дело о положении несчастного короля. Его привели в замковую церковь и предъявили обвинения, но Эрик XIV сам выступал в свою защиту, всю вину возложив на дворянство. На суде не приняли во внимание, что порой король был не в своем рассудке, а также и то, что сами чиновники прежде одобряли его в тех пунктах, в которых сейчас обвиняли. Короля посадили в мрачную темницу, где он днем и ночью сносил голод и холод, смрад и беспокойство, оскорбления и ругательства. Один из стражников даже прострелил ему руку и, не перевязав, надолго оставил его лежать в крови. В одной из жалоб брату Юхану король писал о том, что «сколь бесчестно поступали с ним двадцать две недели, и он не может подумать, чтобы жестокости сии чинились по повелению брата: ни един день не проходит без нового унижения. Его лишили Божьего слова, и он в двенадцать воскресных дней никакой проповеди не слышал, так как Библию у него отняли с прочими вещами. И хотя бы он и был виновен во всем, что на него возложили, однако ж королевское тело его довольно уж за то наказано».
Жалобы, однако, никаких положительных последствий для Эрика XIV не возымели, и он опять помешался в рассудке. Между тем в Стокгольме некоторые решили воспользоваться предпринятым Юханом путешествием по стране, чтобы освободить короля из темницы и снова возвести на престол. Узнав об этом, Эрик XIV сразу же сочинил манифест, в котором «благодарил верных своих подданных за их благоволение, обещался щедро наградить их, а прежним своим противникам не мстить за вражду, ежели они теперь помогут ему». Но заговор этот был открыт: некоторых участников его осудили на смертную казнь, а короля c супругой и детьми перевели в крепость Або, где держали под очень строгой охраной. 13 сентября на заседании сейма решался даже такой вопрос: «Не следует ли лишить короля жизни, если еще будет предпринята попытка его освобождения?» Многие голоса одобрили это предложение, но государственный совет отверг его.
