Три года провел Везалий в Парижском университете, а потом из-за сложившихся обстоятельств отправился в Лувен, где тоже был достаточно известный университет. Но здесь он снял с виселицы труп казненного преступника для вскрытия, и духовенство потребовало наказать его за подобное кощунство. Везалий понял, что спорить бесполезно, и, покинув Лувен, отправился в Падую, откуда еще несколько лет назад получил официальное приглашение преподавать в университете. На медицинском факультете Падуанского университета было много молодых преподавателей, и Везалий полагал, что молодежь скорее поймет его… Получив степень доктора медицины, он стал с вдохновением читать лекции, которые всегда привлекали много студентов, и продолжал свои собственные исследования. И чем глубже молодой доктор медицины изучал внутреннее строение организма, тем больше он укреплялся в мысли, что в учении Галена немало серьезных ошибок. Да, Гален был великим врачом, но с той поры прошло много времени. Познание человеком мира ушло далеко вперед, и естественно, что целый ряд положений, соответствующих уровню знаний прежних эпох, нуждается в пересмотре.
И для Везалия начались годы напряженной работы над многотомным трудом, в котором он хотел отразить современный ему уровень медицинских знаний и внести поправки в представление о строении человеческого тела. Четыре долгих года работал Везалий над своим трудом, и в 1543 году в Базеле увидело свет его 7-томное сочинение «О строении человеческого тела». Я. Сильвий резко выступил против бывшего ученика, а вскоре появился написанный им памфлет «Опровержение клевет некоего безумца на анатомию Гиппократа и Галена…», в котором опровергались все доводы, выдвинутые Везалием. Содержались в нем и призывы самым строгим образом наказать того, кто неуважительно отнесся к великому Галену и посмел усомниться в его учении. А. Везалий предвидел, как обернутся события после опубликования им своего труда, ведь еще раньше он писал: «Мой труд вызовет нападки со стороны тех, кто не брался за анатомию столь ревностно, как это имело место в итальянских школах, и кто уже в преклонном возрасте изнывает от зависти к правильным разоблачениям юноши».
Сочинение Везалия и памфлет Я. Сильвия вызвали целую бурю в научном мире. На головы молодых ученых, которые не желали мириться с застоем в науке, полились потоки брани. Я. Сильвий требовал расправы над ними и даже обращался к императору с призывом наказать Везалия. На сторону старого профессора встало большинство именитых медиков, а вскоре сочинением Везалия заинтересовалась и Церковь. Внося поправки в положения Галена, ученый вольно или невольно задевал и церковное учение, а это уже ересь. Ведь если Бог создал Еву из ребра Адама, значит, у мужчины должно быть на одно ребро меньше, чем у женщин. Везалий же, вскрыв множество трупов, увидел, что это не так… Не посчитался он и с утверждением о том, что в человеческом скелете есть неуничтожимая косточка, которая не горит в огне и т. д. В ней заложена та таинственная сила, с помощью которой человек воскреснет в день Страшного Суда, чтобы предстать перед Господом. И хотя эту косточку никто не видел, ее описывали в научных трудах и в существовании ее не сомневались. А Везалий прямо заявил, что при исследовании человеческого скелета он такой косточки не обнаружил.
