Снова начались расследования и мучительные допросы, вновь от Сервета потребовали, чтобы он отрекся от своих взглядов, вновь начались споры между обвинителем и обвиняемым, которому было предъявлено 49 обвинений: в подрыве устоев христианской религии, отождествлении Бога с природой, выступлениях против Троицы, поддержке мятежных крестьян и т. д. Его обвиняли даже в том, что он бежал от суда католиков… Сервет опровергал все обвинения, заявляя, что выступал не против христианской веры, а за освобождение этого учения от всех извращений, которые внесли в него люди, слишком заботящиеся о своем земном благополучии. Он выступал не против Церкви вообще, а против той Церкви, которая душит свободную мысль и всякое стремление к познанию истины, если эта истина расходилась с установленными догматами. Судьи оказались в затруднении, так как ничего не могли возразить ему. И тогда на судебное заседание пришел сам Ж. Кальвин, но и ему не удалось разбить доводы Сервета. И тогда он обвинил его в подрыве государственных устоев, что могло вызвать серьезные политические последствия. Опровергнуть такое обвинение оказалось не так-то просто…
Проходили дни, недели, месяцы; судьи колебались и не решались вынести Сервету смертный приговор, не желая брать на себя такую ответственность. Но Кальвин, никогда не прощавший своих врагов, был непреклонен; ему удалось навязать суду свою точку зрения, и тот приговорил Сервета к сожжению. Тем не менее Кальвин решил проявить «милосердие»: он выступил против столь жестокого приговора и настаивал на том, чтобы преступнику отрубили голову. На этот раз «немилосердными» оказались судьи…
Ранним утром 27 октября 1553 года на улицах Женевы, ведущих от городской тюрьмы к холму Шампель, начали собираться люди. Стоя группами, они обсуждали предстоящее событие – сожжение еретика, осмелившегося критиковать святое учение. Ждать пришлось долго: только около полудня отворились массивные ворота тюрьмы, и в сопровождении алебардщиков вышел изможденный, скованный цепями человек в изорванной одежде. Сервет с трудом поднял руку, прикрывая ладонью глаза, много дней не видевшие дневного света. А потом жадно вдохнул воздух и покачнулся, опьяненный его свежестью… С трудом сделал шаг: свинцовая тяжесть сковала измученное пытками тело, но он стиснул зубы и медленно пошел по мостовой. Никто не должен был видеть, как ему тяжело: он не склонял головы, когда тюремщики терзали его, требуя раскаяться в грехах, не склонит ее и в свой смертный час…
