В Тауэр ему разрешили взять с собой одного слугу, которому приказали следить за узником и доносить обо всем, что тот будет говорить о короле. Брошенный в темницу и лишенный книг, Т. Мор тяжело страдал и физически. Через месяц к нему пустили на свидание дочь Маргариту: оба упали на колени и пропели несколько благодарственных молитв, а потом Т. Мор заговорил о своем заточении. Он не жаловался, напротив, считал свое заключение особой к нему милостью Бога; говорил, что чувствует себя как бы сидящим на коленях у Всевышнего… Впоследствии Т. Мору разрешили видеться и с другими членами семьи, а также слушать обедню в тюремной капелле, прогуливаться по саду, иметь книги, писать и т. д. Вместе с тем через посещавших узника лиц пытались уговорить его отказаться от своего упорства, но все они убеждались в безуспешности своих просьб. Более года провел Т. Мор в Тауэре, сохраняя твердость духа.
Суд над ним проходил в Вестминстерском дворце. Несмотря на довольно значительное расстояние, узник всю дорогу от Тауэра прошел пешком, опираясь на палку. Началось чтение огромного обвинительного акта, в котором перечислялись многие «преступления» Т. Мора, в которые его пытались запутать. Выступали лжесвидетели и доносчики, но он защищался с большим достоинством, опровергал возводимые на него напраслины, не отрекся от своих убеждений. Однако судьи признали его виновным и постановили: «Шерифу Вильямсу Бингстону предписывается отвести преступника обратно в Тауэр, а оттуда влачить по земле через весь лондонский Сити до Титберна и повесить так, чтобы он замучился до полусмерти; потом снять с петли, пока он еще не помрет, отрезать половые органы, выдернуть и сжечь внутренности. Затем четвертовать его и прибить по одной четверти его тела над всеми четырьмя воротами Сити, а голову выставить на лондонском мосту».
Учитывая прежние заслуги Т. Мора, король «смягчил» приговор, заменив мучительную пытку и казнь простым отсечением головы. Семь дней и семь ночей провел Т. Мор в ожидании казни. Все бывшие при себе вещи он отдал на память детям, написал два письма (одно из них – дочери Маргарите), много молился, смиряя бичеванием свое тело, которое все еще страшилось «ничтожного щёлка». 6 июля 1535 года 57-летнего узника повели к месту казни. Т. Мор шел с красным крестом в руке, часто поднимал взоры к небу. Уже стоя на эшафоте, он хотел обратиться к собравшемуся народу, но ему не разрешили. И тогда Т. Мор обратился к палачу, просившему у него прощения: «Ты оказываешь мне самую большую услугу, какую я только могу пожелать от человека. Исполняй же без страха свою обязанность. Шея у меня короткая, целься хорошенько, чтобы не осрамиться».
