Еще до первых выборов в оба совета Савонарола убедил старейшин, в руках которых оставалась власть, объявить полную амнистию всем заключенным, кроме совершивших тяжкие преступления. Из мрачных казематов были выпущены сотни людей, заточенных туда по проискам врагов, и это еще больше подняло авторитет Савонаролы. Но одновременно усилилась и злоба его врагов, которые в новом порядке правления не видели для себя ничего хорошего. Особенно разозлились монахи различных орденов, и больше всего францисканцы. Раньше они видели в настоятеле монастыря Святого Марка только неприятного конкурента, обличавшего в своих проповедях и личным примером их тунеядство. Теперь же они лишались многих льгот, захваченных без всякого на то права. К монахам присоединились и некоторые представители духовенства, за которыми пошли и приверженцы Медичи.
Савонарола хотел превратить Флоренцию в «Божью республику» и потому главным своим долгом считал нравственное очищение людей. Одну из причин существующего разврата он видел в книгах и картинах, отличавшихся античной пластичностью. В своих проповедях он требовал сжечь их, и на площадях города воздвигались пирамиды из произведений Д. Боккаччо, Петрарки и других великих писателей; летели в костер бюсты, статуи и картины известнейших художников. Но происходило это не потому, что праведный монах ненавидел искусство: просто он считал святотатством изображать Богородицу с обнаженной грудью и приказывал сжигать именно такие картины, объявив их сатанинским соблазном и пагубной роскошью.
Из жизни Флоренции почти полностью исчезли светские праздники, шумные карнавалы уступили место религиозным шествиям, на улицах города дежурили «стражи нравов» – отряды подростков и юношей, которые останавливали прохожих, одетых, с их точки зрения, нескромно, женщин легкого поведения, праздных гуляк и советовали им чаще молиться и во всем брать пример с преподобного фра Савонаролы. А между тем дела во Флоренции шли плохо. Многие богачи, купцы и хозяева мастерских бежали из города; крестьяне плодородной Тосканы стали реже привозить на городские рынки свою продукцию, ведь товар у них взять могут, а денег не заплатят… Из Флоренции уезжали знаменитые художники, не находя больше в городе прежней щедрой поддержки. А. Микеланджело и Леонардо да Винчи переселились в Рим, где встретили самый радушный прием. Суровой, мрачной, насупившейся стала Флоренция. Жизнь без игр, праздников и забав горожанам скоро надоела, и про Савонаролу стали распространяться слухи один хуже другого. Говорили, например, что ретивый монах на самом деле является слугой сатаны и все его проповеди – от лукавого. Врагов Савонаролы подстрекали римский папа, миланский герцог и семейство Медичи, и вскоре, как только монах появлялся на улицах, его стали открыто осыпать насмешками и бранью. Правда, за ним еще стояли тысячи сторонников, но в большинстве своем это были люди обездоленные.
