Опираясь на свою армию, численностью вдвое превосходившую войска отца, Абдал-Лятиф открыто выступил против него. Две армии целых три месяца стояли на разных берегах Амударьи. Небольшие отряды Абдал-Лятифа успешно переправлялись через реку и нападали на войско Улугбека. В Самарканде в это время оставался Абдал-Азиз, но он был неосторожным правителем, и подданные были недовольны им. Он обходил ювелирные ряды и лавки, где продавались парча, шелковые ткани и атлас, и все, что нравилось, забирал себе. Также насильно забирал он красивых девушек и рабынь, поэтому неудивительно, что в городе вспыхнуло восстание. Улугбек увел свое войско с берега Амударьи, чтобы подавить возмущение в столице, а Абдал-Лятиф тем временем легко овладел несколькими городами и, пополнив свои продовольственные запасы, двинулся к Самарканду.
Улугбек выступил против мятежного сына, но его войско было разбито около кишлака Демишке. Он хотел вернуться в столицу, но его наместник, уверенный в победе Абдал-Лятифа, не пустил правителя в крепость, и Улугбек вместе с сыном Абдал-Азизом поскакал на север. Однако и там им отказали в помощи, более того, даже хотели схватить и выдать Абдал-Лятифу. И тогда Улугбек решил сам добровольно сдаться сыну…
24 октября 1449 года правитель Самарканда подъехал к своему дворцу, спешился и смиренно остановился перед воротами. Стражники засуетились, а начальник караула побежал к Абдал-Лятифу, чтобы сообщить ему уже несколько дней ожидаемую весть: Улугбек отказывается от дальнейшей борьбы и сдается на милость сына. Абдал-Лятиф стал победителем и не мог отказать себе в «великодушии», которое в подобных обстоятельствах было унизительно для Улугбека. Вечером во время угощения, устроенного в честь Улугбека и его спутников, все, в том числе и отец с младшим братом, встречали Абдал-Лятифа стоя, почтительно сложив руки. Он прошел на самое почетное место и сел выше отца.
В ту ночь Улугбек не сомкнул глаз до рассвета. Родной сын открыто оскорбил и опозорил его перед всей знатью. Все отвернулись от бывшего повелителя, который еще так недавно осыпал их своими щедротами. Он был падишахом, 40 лет правил страной, и вот оказался никому не нужен… Никогда еще Улугбек не чувствовал себя так тоскливо и одиноко. На следующий день все снова собрались во дворце, и Улугбек объявил свою последнюю волю: он уступает трон сыну и просит только об одном – чтобы ему разрешили остаться в Самарканде и позволили заниматься науками. Абдал-Лятиф был груб и резок, обвинял отца в несправедливости и жестокости, кричал на старика и грозил ему смертью. Седобородые имамы совещались недолго и постановили: чтобы замолить грехи свои, бывший правитель Самарканда должен отправиться в Мекку. Абдал-Лятиф, чтобы показать всем, что простил отцу все обиды, вышел проводить его на террасу дворца и пожелал доброго пути и благополучного возвращения.
