Б. Косса воевал с неаполитанским королем, но в этой борьбе ему не повезло, и он вынужден был искать убежище во Флоренции. Встретили его там очень негостеприимно, и тогда он обратился к германскому императору Сигизмунду, даже согласился на созыв нового Собора и обещал подчиниться его решению. Констанцский собор, открывшийся 5 ноября 1414 года, обернулся для Иоанна XXIII катастрофой. Члены Собора объявили, что власть Собора следует считать выше власти папы. Он пришел в ужас и отчаяние от этого решения и, опасаясь, что Собор для него превратится в трибунал, переоделся в одежду конюха и тайно бежал в город-крепость Шафхаузен, принадлежавший его покровителю – австрийскому герцогу Фердинанду. Б. Косса надеялся, что без него собор окажется недееспособным, и из крепости писал императору Сигизмунду: «Я снова свободен и независим от Вас, примкнувшего к моим злейшим врагам. Я чувствую себя здесь прекрасно. Но, несмотря на все, я не отказываюсь от своего обещания отречься от престола. Я сделаю это ради установления мира в церкви. Но я сам решу, когда это сделать».
Однако бегство поставило Иоанна XXIII в бесправное положение, отторгнув его от течения соборных дел. Сторонники Собора собрались вместе и выработали то знаменитое решение, по которому Собор осенен именем Духа Святого и потому бегство папы не может помешать его работе. Остался тверд и император Сигизмунд, на которого бегство Иоанна XXIII не произвело никакого впечатления. Император спас Собор, предотвратив его роспуск, на котором настаивали некоторые кардиналы, и даже обещал заставить папу Иоанна XXIII вернуться. К нему отправили депутацию, но «повернувшись к послам, Косса демонстративно и цинично начал почесывать зад». Его сторону приняли некоторые кардиналы, и порой ему казалось, что он уже выиграл. Однако надежды его вскоре рассеялись: Собор отлучил Б. Коссу от церкви. И вскоре он, когда-то въезжавший в город как триумфатор на белом иноходце во главе торжественной процессии, был взят в плен, и его вернули в Констанц уже как обвиняемого.
Пока разбиралось дело, Б. Коссу заключили в тюрьму. Нашлось достаточное число врагов, сумевших публично уличить его в действиях, преступных для наместника Бога на земле. В здании Торговой палаты, где проходили заседания Собора, все оставалось прежним, как и до его бегства, – даже трон с возвышением не убрали. Только ему не позволили приблизиться к почетным местам кардиналов и богословов, говорить ему тоже не дали. Бывшего папу назвали неисправимым грешником, интриганом, грубияном, безнравственным распутником, убийцей, нарушителем мира и единства церкви и т. д. Как писал Дитрих фон Ним, секретарь папской канцелярии, «Иоанна XXIII обвиняли во всех смертных грехах», и рассказы эти производили такое страшное впечатление на остальных членов Собора, что те препятствовали их дальнейшему распространению. А потом начался долгий процесс отрешения Иоанна XXIII от власти. Ему зачитали 54 пункта обвинения, пронесли мимо папскую мантию и тиару, затем на него надели и тут же сняли нижнее облачение, разломили папский герб и натрое поломали золотую папскую печать и золотое кольцо с печатью.
