Некоторое время Я. Гус пользовался в Констанце относительной свободой, на первых порах папа даже обещал взять его под свою защиту. Ученый все дни просиживал дома, готовясь к своему выступлению, и думал не о том, как будет защищаться, а о том, как бы заставить Собор признать его правду. Чтобы все католическое духовенство увидело свои грехи и захотело бы исправить и очистить себя. Однако вскоре римский папа, чувствуя собственное непрочное положение, отказался от своих слов и даже содействовал аресту Я. Гуса. Великий проповедник был заключен в сырое и мрачное подземелье доминиканского монастыря. Рядом с тюрьмой находилась яма, куда стекались нечистоты; зловонный воздух поднимался от нее и шел прямо в камеру, и от сырости и вредного воздуха Я. Гус заболел.
В этой тюрьме Я. Гус чуть не умер, но враги не хотели его преждевременной смерти и добились перевода в другую камеру, где воздух был здоровее. Он начал понемногу поправляться, хотя оставался еще таким слабым, что с трудом говорил. Но и тогда папа прислал к нему трех епископов, чтобы те допросили его. Епископы привели с собой 15 свидетелей, которые показывали против Я. Гуса; он просил, чтобы ему позволили выбрать защитника, на что ему отвечали, что у еретика не может быть никаких защитников. Ему даже не позволили ни о чем спросить «свидетелей».
Вскоре после допроса Я. Гусу прислали бумагу, в которой против него выставили обвинительные статьи и указали 44 места из его сочинений, где он проповедует ересь. И хотя Я. Гус был еще очень слаб и писал с трудом, на обвинения он ответил очень обстоятельно. Монастырская тюрьма была не единственным местом заключения Я. Гуса: из нее его перевели в темницу замка Готлебен. В монастыре вся стража и все служители уже привыкли к своему узнику, полюбили его и очень удивлялись, что тот, кого преследуют как богоотступника, скорее похож на святого человека. Ему позволяли писать письма и передавали их его друзьям (как и ему от них); разрешали даже видеться с теми, кто приезжал в Констанц… В новой тюрьме все было иначе. В замке Я. Гуса посадили в камеру, которая имела четыре неполных шага в длину и менее двух шагов в ширину, а единственной мебелью были два неотесанных бревна. Ноги узника заковали в цепи, которые никогда не снимали, а ночью и руки цепями приковывали к стене. Пищу давали очень плохую, а порой и вовсе морили голодом, запретили переписываться с друзьями, а книг и вовсе не давали. И Я. Гус опять начал хворать…
