Для повышения надежности широко использовалось дублирование и другие типы резервирования электрических и электронных элементов, а также защита от короткого замыкания в различных системах. КК «Меркурий» проектировался и испытывался как в пилотируемом, так и в беспилотном вариантах. На начальной стадии работ у американских специалистов не было уверенности в том, сможет ли человек в условиях космического полета эффективно управлять кораблем, и поэтому основные системы имели как ручные, так и автоматические контуры управления.
Основной операцией, которая выполнялась системой навигации и ориентации КК «Меркурий», был разворот корабля в нужный момент в такое положение, при котором импульс тормозной двигательной установки обеспечивал спуск в атмосферу Земли. Эта задача решалась с помощью гиростабилизированной платформы. В процессе полета уходы платформы корректировались, величины коррекции вырабатывались посредством датчиков горизонта (по тангажу и крену) и гирокомпаса (по курсу).
Датчик горизонта (в отечественной технике его обычно называют инфракрасной вертикалью) представлял собой прибор (как правило, сканирующего типа), который воспринимал тепловой поток, излучаемый атмосферой Земли, и определял ось симметрии этого потока (иными словами, местную вертикаль).
Включение тормозной двигательной установки и других систем КК в автоматическом режиме осуществлялось от программно-временного устройства, проводившего отсчет времени начиная со старта РН. В пилотируемом полете космонавт мог производить все операции вручную; он ориентировал КК по всем углам, наблюдая Землю в иллюминатор.
Для управления ориентацией КК «Меркурий» было установлено 18 управляющих двигателей реактивной системы управления, работавших на однокомпонентном топливе (перекиси водорода). В присутствии катализатора перекись водорода разлагается с выделением большого количества тепла. За счет высокой температуры образующегося при этом парогаза удельные характеристики такого топлива значительно выше, чем у систем, работающих на холодном газе. Кроме того, масса и габариты баллонов для хранения перекиси также меньше.
Однако перекисная система гораздо сложнее воздушной. Разложение перекиси водорода происходит непосредственно в камерах двигателей, где для этого помещается специальный катализатор. Такие двигатели обладают рядом особенностей и недостатков (низкими динамическими характеристиками, большим импульсом последействия и т. д.). Поэтому, несмотря на сравнительно простую и непродолжительную программу полета на КК «Меркурий», пришлось установить два независимых комплекта управляющих двигателей. Причем в каждый комплект входили двигатели с большой и малой тягой. Первые (тяга 26 и 108 Н) использовались для разворота КК и стабилизации при работе тормозной двигательной установки, вторые (4,4 Н) — для поддержания заданной ориентации в орбитальном полете. При использовании двигателей малой тяги экономилось топливо и повышалась точность ориентации.
