Тем не менее, несмотря на отсутствие у противника речных сил, отдельные части флотилии неоднократно попадали в тяжелое положение благодаря применению сербами и их союзниками[4] разнообразных боевых средств, к борьбе с которыми флотилия не была достаточно подготовлена в мирное время. К этим средствам, в первую очередь, следует отнести тяжелую сухопутную и морскую береговую артиллерию, мины заграждения, торпедные батареи, прожектора и так далее.
Недостаточной оказалась и подготовка флотилии к совместным действиям с сухопутными войсками, чему в мирное время уделялось мало внимания.
Правда, как показывает О. Вульф, с течением времени недочеты эти в значительной степени были изжиты, однако, своеобразная «минная война» на реке повлекла за собой немало потерь в корабельном составе флотилии, поглотила много средств и, по существу, явилась одной из главных задач флотилии на протяжении всей войны.
С вступлением в войну Болгарии, а после нее и Румынии, центр тяжести деятельности Дунайской флотилии переносится на среднее и нижнее течения Дуная, причем у австро-венгерской флотилии появляется новый серьезный противник, в виде румынской Дунайской флотилии. Однако пассивность последней, фактически устранившейся от участия в борьбе за владение рекой, не внесла новых осложнений в обстановку для деятельности австро-венгерской флотилии. Главными противниками ее и на этот период остались береговая и полевая артиллерия и мины. В этот период австро-венгерская флотилия обеспечила решающий успех по срыву переправы через Нижний Дунай у Ряхово румынских войск и уничтожению тех из них, которые уже переправились на болгарский берег.
После разгрома австро-венгерскими войсками Румынии, Дунай получил значение важнейшей водной коммуникации, по которой отправлялись награбленные в Румынии нефтепродукты, хлеб и другие грузы, крайне необходимые для уже выдыхавшихся в экономическом отношении центральных держав. Обратным потоком по Дунаю из Австро-Венгрии и Германии в Сербию, Румынию, Болгарию и Турцию шли военные грузы и уголь. Обеспечение этих перевозок, как в районе устья Дуная, где действовали румынские и русские морские и речные корабли, так и вдоль берегов самой реки от различных партизанских отрядов, явилось в этот период, пожалуй, самой важной задачей австро-венгерской флотилии, имевшей тесную связь с созданными на Дунае экспозитурами и комендатурами, органами военных сообщений (Центрального транспортного управления). Следует отметить, что в районе среднего и нижнего Дуная, территориально находившегося в зоне влияния Австро-Венгрии, германское командование параллельно с австро-венгерскими транспортными органами создало и свои, что приводило к немалым трениям и недоразумениям. Недоверие к своему союзнику и стремление всюду иметь свои боевые части повлекло за собой и создание «Императорской германской флотилии моторных катеров на Дунае», причем первые четыре катера были перевезены на Дунай по железной дороге еще в октябре 1915 года из состава Вислинской военной флотилии.
