Курляндское засилье при русском дворе сменилось брауншвейгским, вновь создав питательную среду для недовольства. Но всему приходит конец: 25 ноября 1741 г. гвардия произвела переворот и возвела на престол Елизавету Петровну. Малолетний император Иоанн Антонович вместе с родителями и игравшими главную роль при дворе Анны Леопольдовны Минихом и Остерманом был арестован. Когда дочь Петра была еще не у власти, Ушаков отказался примкнуть к поддерживавшей ее партии, однако после свершения переворота в ее пользу сумел сохранить и свой пост, и влиятельное положение при дворе. В то время как многие видные представители прежней элиты были сосланы или лишены прежних мест, глава Канцелярии тайных розыскных дел попадает в обновленный состав Сената. Незадолго перед тем он допрашивал по воле Миниха Бирона, якобы хотевшего извести Иоанна Антоновича, теперь же расследует новое дело – «О злоумышлениях былого фельдмаршала фон Миниха на здоровье принца Иоанна Антоновича, герцога Брауншвейгского», ведя попутно и еще одно – «О происках былого канцлера графа Остермана». Оба руководителя предыдущего переворота были объявлены врагами Отечества и в свой черед отправлены в ссылку. Наряду с крупными политическими фигурами Канцелярии тайных розыскных дел приходилось разбираться и с некоторыми из победителей, опьяненных чередой военных переворотов и ощутивших свою вседозволенность. Так, подвыпивший 19-летний сержант Невского полка А. Ярославцев, «гуляя с приятелем и дамой легкого поведения», не пожелал в центре Петербурга уступить дорогу карете самой императрицы Елизаветы. Ореол величия и неприкосновенности носителя верховной власти в глазах части военных был уже сильно размыт, и на попреки и увещевания свиты сержант отвечал: «Экая де великая диковинка, что выбранили де мы генерала или ездовых. И сама де государыня такой же человек, как и я, только де тем преимущество имеет, что царствует».
Захваченная силой оружия власть Елизаветы Петровны на первых порах не была стабильной. Соблазн в очередной раз произвести переворот был велик, готовых принять в нем людей, обделенных чинами и наградами, было достаточно, так что без работы Канцелярия тайных розыскных дел не оставалась. Ведомство Ушакова проводит следствие по нескольким делам, связанным с попытками новых переворотов с целью освободить из заключения и возвести на трон малолетнего «законного» императора Иоанна VI (Ивана Антоновича). За преданность и усердие главу Канцелярии тайных розыскных дел ждала очередная награда: в июле 1744 г. императрица жалует ему графское звание.
