В качестве офицера действующей армии Скорняков-Писарев принимает участие во многих сражениях Северной войны со Швецией, в том числе и в решившей судьбу войны Полтавской битве, за умелое руководство артиллерией в которой производится в чин капитан-поручика. В эти же годы Петр I, который даже в самые напряженные моменты войны не забывал о задачах экономических преобразований России, поручает ему изучить возможность соединения каналами Днепра и Двины между собой и с рекой Ловатью. В связи с этим стоит отметить, что проектирование и строительство каналов становится второй специальностью Скорнякова-Писарева в Петровскую эпоху. Вслед за этим он отправляется в окрестности Смоленска на реку Касплю подготовить суда и организовать перевозку на них артиллерии и провианта для осадившей Ригу русской армии. От Риги в конце 1709 г. Скорняков-Писарев во главе своей бомбардирской роты был отправлен в Москву для участия в торжественном параде в честь Полтавской виктории, а в следующем году участвует в штурме Выборга. В неудачном Прутском походе Петра I против Турции в 1711 г. Скорняков-Писарев командует артиллерией в царском дивизионе, в 1712–1713 гг. – командует гвардейской артиллерией в продолжающейся войне со шведами, а в конце 1713 г. – всей артиллерией Северной столицы. Царь поручает ему организовать в Петербурге артиллерийскую школу для будущих навигаторов, получившую вскоре название Морской академии.
С началом дела царевича Алексея Петр I создает новый орган политического сыска – Тайную канцелярию. Показателен состав руководства этой новой структуры: помимо дипломата Толстого, выманившего «зверя» из-за границы, он целиком укомплектован гвардейскими офицерами Преображенского полка. Подобный шаг Петра был далеко не случаен – созданная им гвардия была тем учреждением, на которое он мог смело положиться и откуда черпал руководящие кадры для самых разнообразных поручений. Гвардейцу Скорнякову-Писареву царь доверяет самую деликатную часть следствия, касающуюся его бывшей жены Евдокии Лопухиной.
Помимо этого, «бомбардир капитан» участвовал в следствии и суде над царевичем Алексеем, подписав с другими судьями сыну Петра I смертный приговор. Скорняков-Писарев был в числе лиц, выносивших гроб с его телом из церкви. Нечего и говорить, что после завершения столь важного для Петра I дела на него, как и на остальных «министров» Тайной канцелярии, пролился дождь монарших милостей. Скорнякову-Писареву 9 декабря 1718 г. «...за верные труды в бывшем тайном розыскном деле» был пожалован чин полковника и двести крестьянских дворов. По окончании дела царевича Алексея Скорняков-Писарев остается служить в Тайной канцелярии.
