Как и великорусские архиереи, он мечтал об избрании патриарха. И ревнители старины в Москве вскоре поняли, что в лице столь нежеланного для них чужака они обрели если и не единомышленника, то союзника, к человека неуступчивого, твердого, мужественного. Вместе с ними местоблюститель не одобрял второго брака царя, заключенного при жизни насильственно постриженной царицы Евдокии Лопухиной. С негодованием узнал он об отмене постов в войсках, на что царь, в обход предстоятеля Русской Церкви, заручился разрешительной грамотой от Константинопольского патриарха. В своих проповедях митрополит Стефан стал открыто обличать не хранящих постов, обижающих Церковь и оставляющих своих жен, прозрачно намекая на личность самого царя.
Особую остроту отношения между монархом и местоблюстителем приобрели после дела Тверитинова. Московский лекарь Дмитрий Тверитинов, учившийся в Немецкой слободе, собрал кружок вольнодумцев, увлеченных протестантским учением. Его сторонники отвергали почитание святых угодников, мощей, икон, отвергали авторитет иерархии, не признавали таинств и предания святых отцов. В то же время в тверитиновском кружке, по богословскому невежеству, отвергали и краеугольный камень протестантизма - учение о спасении единой только верой. Повторяя древних стригольников, Тверитинов думал, что человек спасается не верой, а своими делами и заслугами, без посредничества Церкви. «Я сам себе Церковь», - говорил ересиарх. Самым рьяным из еретиков оказался родственник Тверитинова цирюльник Фома Иванов.
В 1713 году существование ереси обнаружилось: первым обличен был в неправославии ученик Московской Славяно-греко-латинской Академии Максимов. Митрополит Стефан немедленно организовал расследование, которое велось гласно и было известно в Москве. Петр, опасаясь, что этот шумный процесс повредит столь любезным его душе немцам, распорядился перевести розыск из Москвы в Петербург в новоучрежденный тогда Сенат. В Сенате дело закончилось быстро и легко для подсудимых. От них потребовали отречение от ереси и препроводили их обратно в Москву. Местоблюстителю было приказано присоединить раскаявшихся к Церкви. Митрополит Стефан, подозревая вероотступников в лицемерии, велел разослать их по монастырям для проверки искренности их покаяния. Тогда-то и обнаружилась обоснованность его недоверия к столь легко избавившимся наказания еретикам. Заключенный в Чудовом монастыре Фома Иванов, одержимый неистовством, бросился с косарем на резной образ святителя Алексия и изрубил его. После этого злодеяния митрополит Стефан созвал освященный Собор для суда над преступниками. Новоявленные иконоборцы были преданы анафеме, а Фому, как злостного и нераскаявшегося еретика, сожгли на костре. Гнев Петра, узнавшего об исходе нового розыска, был страшен. Он подозревал местоблюстителя в том, что своим суровым судом над вероотступниками, впавшими в ересь под влиянием Немецкой слободы, он подстрекает москвичей на погром иностранцев. Петр приказал объявить местоблюстителю выговор через Сенат.
