В основе ее воззрений на отношения между Церковью и государством лежала острая неприязнь к католической доктрине «двух мечей», ко всякому клерикализму, в котором она, совершенно напрасно, подозревала православное духовенство. Религиозный фанатизм, который она находила в любом проявлении религиозной ревности, пугал и отталкивал ее. Екатерина придерживалась принципов широкой веротерпимости, доходившей до полного индифферентизма. Как государственного деятеля ее хорошо характеризует одно замечание, сделанное ею до восшествия на престол: «Уважать веру, но никак не давать ей влиять на государственные дела».
Искусный и тонкий политик, она не сразу обнаружила своих намерений по отношению к Церкви. Через две недели по ее воцарении Сенат издал постановление о возвращении епархиальным домам, монастырям и церковным причтам принадлежавших им ранее земельных владений. Но радость духовенства по этому поводу оказалась преждевременной. Прошло еще три недели, и вышел манифест, в котором объявлялось намерение правительства заново рассмотреть вопрос о церковных вотчинах: «Не имеем мы намерения и желания присвоить себе церковные имения, только имеем данную нам от Бога власть предписывать законы о лучшем оных употреблении на славу Божию и пользу Отечества. И для того под покровительством Божиим намерены мы в совершенство привести учреждение всего духовного штата, сходственно с узаконениями церковными, которым следовал и вселюбезнейший дед наш государь император Петр Великий, учредя на то особливую из духовных и светских персон под собственным нашим ведением комиссию».
В Комиссию вошли президент Синода преосвященный Дмитрий (Сеченов), возведенный в сан митрополита, архиепископ Санкт-Петербургский Гавриил (Кременецкий), епископ Переяславский Сильвестр, а также обер-прокурор князь А. Козловский, князь А. Б. Куракин, князь С. Гагарин, граф И. И. Воронцов, и Г. Теплов. Результатом работ этой комиссии явился знаменитый Церковный Указ о церковных владениях, изданный 26 февраля 1764 года, которым проводилась последняя черта под многовековым спором о монастырских вотчинах.
Указ окончательно упразднял церковное землевладение в России. Все церковные имения передавались Коллегии экономии, и церковные учреждения совершенно устранялись от управления ими. Часть средств, поступавших от секуляризованных имений, после ряда сокращений всего лишь 1/7, Коллегия экономии должна была выдавать на содержание епархиальных кафедр, монастырей и приходских причтов. Остальное шло на государственные нужды. Епархии разделялись на три класса, и содержание их назначалось в зависимости от класса. Для монастырей вводились так называемые «штаты». Большая часть обителей оказалась за рамками штатов, и, как правило, такие монастыри упразднялись.
