С началом перемен к лучшему в положении Церкви члены Синода архиепископ Новгородский Амвросий и митрополит Ростовский Арсений (Мацеевич) подали доклад, в котором писали, что если государыне не угодно будет восстановить Патриаршество, то по крайней мере, необходимо восстановить должность Президента Синода; предлагалось также упразднить должность обер-прокурора и Коллегию экономии. Но Елизавета не согласи-лась пойти на эту реформу, ибо, несмотря на свою любовь к Церкви, она твердо придерживалась тех основ государственного строя, которые были заложены ее отцом: все законы Петра она объявила своими законами, а в предложенных мерах она узрела противоречие этим законам. Императрица согласилась лишь на подчинение Коллегии экономии Синоду - при Анне II апартамент, переименованный в Коллегию экономии, был передан в ведение Сената.
Митрополит Арсений вскоре после этого был выведен из состава Синода. Включенный в Синод по представлению архиепископа Амвросия, этот мужественный архиерей отказался присягать по установленной форме, заявив, что текст присяги, составленный Феофаном, унизителен и кощунствен, что неприлично именовать крайним судей монарха. В этом он находил «недостойное ласкательство во унижение или отвержение истинного Крайнего Судии - Самого Христа». Взамен этого святитель предлагал такую формулу: «Исповедаю же с клятвою Крайнего Судию и Законо-положителя духовного сего церковного правительства быти Самого Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, полномочного Главу Церкви и Великого Архиерея и Царя, надо всеми владычествующего и всем имущего посудити - живым и мертвым». В конце царствования Елизаветы первоприсутствующим в Синоде был архиепископ Новгородский Димитрий (Сеченов). В Синод входили также архиепископ Санкт-Петербургский Вениамин (Григорович), епископ Псковский Гедеон (Криновский), архиепископ Крутицкий Амвросий (Зертис-Каменский), преосвященные Палладий Рязанский, Порфирий Коломенский и архимандрит Троице-Сергиевой Лавры Лаврентий.
До 1753 года обер-прокурором Синода служил князь Я. П. Шаховской, честный служака, ревнитель государственного интереса. Он оставил после себя «Записки», которые содержат много любопытных сведений о деятельности Синода. Князь Шаховской был человеком, не чуждым Церкви, но, увлекаясь буквой закона, он постоянно вступал в распри с членами Синода, сталкиваясь с ними из-за мелочных финансовых вопросов. Обер-прокурор, блюдя интересы государственной казны, протестовал то против увеличения жалования синодальным архиереям, то против перерасхода средств, поступавших от монастырских вотчин. Но позиции обер-прокурора в ту эпоху были еще весьма шаткими, и Синоду, опираясь на личные контакты его членов с императрицей, на поддержку духовника Елизаветы протоиерея Феодора (Дубянского) и благоволившего к духовенству графа Разумовского, часто удавалось с успехом противодействовать административному рвению обер-прокурора.
