Детей часто свозили в школы под стражей, чтобы они не разбежались по дороге. Некоторые убегали; беглецов укрывали родители, которым новые школы казались хуже острога. Иные из догадливых «дезертиров» науки прикидывались юродивыми. В предвидении этих уловок «Регламент» требовал, чтобы неспособных учеников испытывали в семинарии целый год, «не притворяют ли они себе тупости», как другие «притворяют себе телесную немощь от солдатства», и только по годичным испытании исключались те, кто окажутся «детинами непобедимой злобы». Но несмотря на все полицейские строгости, несмотря на то, что беглецов ловили и возвращали в семинарию в кандалах, в списках учащихся против многих фамилий значилось «semper fugitiosus» (постоянно в бегах). Лишь немногие из воспитанников дотягивали до последних богословских классов. Большинство же уходило либо на приходы, либо на светскую службу, не пройдя и половины семинарского курса. И часто выпускники духовных школ, ученые «латынники», оказывались хуже подготовленными к пастырскому служению, чем «псалтирники», обученные при родном храме по церковным книгам.
В петровскую эпоху в руках ученых киевских монахов оказалась не только духовная школа, но и богословская наука. Одним из самых замечательных сочинений этой эпохи явился «Камень веры» митрополита Стефана (Яворского), направленный против протестантских доктрин и, косвенным образом, против замыслов захваченных протестантским духом реформаторов Русской Церкви. В полемике с враждебной Православию реформацией митрополит Стефан часто повторяет аргументы католических богословов. Как и все почти выученники Киевской школы, в своих догматических воззрениях он близок к Фоме Аквинату и Беллярмину.
Но ввиду нависшей тогда над Русской Церковью опасности протестантской реформы, «Камень веры» высоко ценили и православные люди, те, кто совершенно чужд был латинского, «падежеского» направления. Посошков, природный великоросс и даже ревнитель петровских реформ государственной жизни, но встревоженный «люторским безумным мудрованием», писал: «Ради утверждения в вере и ради охранения от люторския и кальвинския и от прочих иконоборцев напечатать книг колико надлежит «Камень веры» и книг по пяти-шести в школу отослать, и чтобы тот многоценный Камень желающие пресвитерства затвердили его на память». По словам протоиерея Георгия Флоровского, «Стефан, богословствуя от Беллярмина, тем самым в действительности оберегал Русскую Церковь от вводимой в нее Реформации».
