В этих путешествиях не раз его жизнь подвергалась опасности. В Буренинских юртах в него стрелял остяцкий старшина. Но пуля, пронзив одежду подвижника, не повредила ему. Старшину схватили и привезли в Тобольск, а там митрополит взял его к себе домой, простил и научил его истине христианской веры, и язычник принял святое крещение.
В 1715 году, по кончине святого Иоанна, митрополит Филофей снова занял Тобольскую кафедру и оставался на ней до 1720 года. За время своих миссионерских подвигов он крестил около сорока тысяч остяков, вогул, татар и тунгусов (эвенков), С заботой и любовью он опекал новокрещенных, оберегал их от произвола мирских начальников. Священников митрополит обязал не менее трех раз в году объезжать селения новокрещенных. Способных мальчиков из крещенных инородцев он отправлял на обучение в монастыри и в архиерейский дом, где их готовили к священству.
После ухода на покой во второй раз, схимитрополит Филофей-Феодор поселился опять в Тюменском Троицком монастыре. В зимнее время он учил русской грамоте инородческих детей. Преставился он 31 мая 1727 года в своей обители. Тело его погребли у входа в монастырь.
С 1711 по 1715 годы Тобольскую кафедру занимал святой Иоанн(Максимович). Родился он в 1651 году в Нежине. У его отца, малороссийского дворянина Максима Васильевича, было семеро сыновей. Образование будущий святитель получил в Могилянской Академии, после окончания которой его оставили преподавателем латинского языка. В 30 лет он принял постриг в Лавре и проходил послушание проповедника и эконома. В 1685 году братией Лавры он был отправлен посольством в Москву просить у царя Федора войско для защиты Лавры от турок. В Москве патриарх Иоаким поставил Иоанна наместником Брянского Свенского монастыря, который был приписан к Лавре. Через 10 лет архиепископ Черниговский святой Феодосий вызвал к себе Свенского наместника и поручил ему управление Черниговским Елецким монастырем - он наметил его в преемники себе по кафедре.
Святой Иоанн благоговейно чтил своего наставника и архипастыря, а после его кончины верил в силу его молитв пред Богом. Когда после смерти святого Феодосия он тяжело заболел, и все уже ожидали его скорой смерти, он позвал на помощь почившего святителя, и тот явился ему и сказал: «Не скорби, брат, Господь услышал молитвы твои, и ты будешь здрав. Вставай с одра и готовься служить Божественную Литургию. Это тебе знамение». После видения святой Иоанн сказал, что будет служить Литургию. Слова его сочли бредом умирающего, но больней встал с одра и служил. После этого исцеления в Чернигове началось почитание святителя Феодосия как угодника Божия.
