Через полтора года указом императора была учреждена должность обер-прокурора Святейшего Синода, на которую назначался «из офицеров добрый человек». Обер-прокурору надлежало быть в Синоде «оком государя и стряпчим по делам государственным». На него возлагался контроль и надзор над деятельностью Синода, но отнюдь не возглавление его. В самый день открытия Синода встал вопрос о возношении имен Восточных патриархов за богослужением. Решен он был не сразу. Архиепископ Феофан высказался против такого возношения. Ему нужно было, чтобы из народной памяти исчез сам титул патриарха, а аргументы его сводились к соблазнительной софистике: он ссылался на то обстоятельство, что в актах любого государя имена союзных ему монархов не фигурируют, будто политический союз подобен единству Тела Христова. Мнение составителя «Регламента» восторжествовало: имена патриархов исчезли из богослужений в русских храмах. Исключение допускалось лишь в тех случаях, когда первоприсутствующий член Синода совершал Литургию в домовой Синодальной церкви.
Президент Синода митрополит Стефан, не присутствовавший на заседаниях при обсуждении этого вопроса, подал свое мнение письменно: «Мне видится, что в ектениях и возношениях церковных явственно можно обоя вместити. Например, так: о Святейших Православных Патриархах и о Святейшем Правительствующем Синоде. Какой в этом грех? Какой убыток славы и чести Святейшему Российскому Синоду? Кое безумие и непристой-ность? Паче же Богу приятно и народу весьма угодно было бы».
По настоянию преосвященного Феофана мнение это было отвергнуто Синодом как раз из-за того, что оно «народу весьма угодно было бы». Более того, Синод принял составленное Феофаном постановление. «Те вопросы-ответы (то есть замечания митрополита Стефана) яко неважные и некрепкие, паче же неполезные, но весьма противные и мир церковный терзающие и государственной тишины вредительные… держать в Синоде под опасным хранением, дабы не точию в публику, но и в показание не произошли».
Отодвинутый и почти устраненный от управления президент Синода практически не оказывал уже никакого влияния на ход синодальных дел, где всем распоряжался любимец императора Феофан. В 1722 году митрополит Стефан скончался. После его смерти должность президента была упразднена.
В сентябре 1721 года Петр I обратился к Константинопольскому патриарху с посланием, в котором просил его о том, чтобы он «учреждение Духовного Синода за благо признать изволил». Ответ из Константинополя получен был через два года. Вселенский патриарх признал Святейший Синод своим «во Христе братом», имеющим власть «творити и совершати елико четыре Апостольские святейшие патриаршие престолы». Аналогичные грамоты получены были и от других патриархов. Новоучрежденный Синод получил права высшей законодательной, судебной и административной власти в Церкви, но эту власть он мог осуществлять лишь с согласия государя. Все постановления Синода вплоть до 1917 года выходили под штемпелем «По указу его императорского величества». Поскольку резиденцией Синода был Петербург, в Москве учредили Синодальную контору. Как правопреемник патриархов, Синод являлся епархиальной властью для бывшей патриаршей области; органами этой власти были: в Москве-дикастерия, преобразованная в 1723 году из патриаршего Духовного приказа, а в Петербурге - тиунская Контора под начальством духовного тиуна.
