Роль Бакунина в дрезденской майской революции общеизвестна (3–9 мая 1849 г.). В теснейшем контакте с временным правительством он работал самым энергичным образом днем и ночью, и имя его внушало саксонским мещанам панический страх. С остатками борцов майской революции он уехал утром 9 мая в Фрейберг, вместе с Гейбнером и Рихардом Вагнером. На последнего Бакунин оказал очень сильное влияние, и тот в своих сочинениях того времени сам открыто об'являл себя сторонником анархии. В Фрейберге, где Бакунин в последний раз предложил план, впрочем неосуществимый, вторжения в Богемию, добровольческие отряды были распущены, и Гейбнер, Бакунин и некоторые другие уехали в Хемниц, где их встретили как будто бы дружески, но в ту же ночь, с 9–го на 10–ое мая, когда они спали, на них напали саксонские мещане, арестовали и выдали прусским солдатам, в Альтенбурге. Солдаты повезли их далеким кружным путем через Лейпциг в Дрезден, где они были посажены в тюрьму. Тут начинаются тюремные годы Бакунина.
***
В ночь с 24–го на 25–ое мая Бакунин, Гейбнер и Рекель были переведены в Нейштадт, в кавалерийскую казарму, где они просидели до 29 августа, когда их перевели в крепость Кенигштейн. О тогдашнем настроении Бакунина дают представление его письма из крепости к своему другу Рейхелю. На допросе он открыто говорил о своих идеях и действиях, отказавшись сказать что бы то ни было о других соучастниках. 14 января 1850 г. им был вынесен смертный приговор в первой судебной инстанции, 16 апреля приговор был подтвержден во второй инстанции. В начале июня смертный приговор был им заменен пожизненными каторжными работами. Гейбнер отбывал каторгу до 1859 г., а Рекель до 10 января 1862 г. Бакунину пришлось просидеть в заключении меньше, чем им обоим. 13 июня 1850 г. он был выдан Австрии и посажен в монастырь Св. Георгия в Праге; с марта 1851 г. он находился в строжайшем заключении в Ольмюце. Здесь его постоянно допрашивали о пражском майском заговоре, и 15 мая его присудили к смертной казни через повешение, но тут же смертный приговор был заменен пожизненным тяжелым заключением в тюрьме. Немедленно после этого он был выдан России, чему он был рад, так как нигде условия заключения не были так тяжелы для него, как в Австрии.
Его привезли в Петропавловскую крепость, в Алексеевский равелин. Здесь не было никакого судебного процесса, а от допросов он отделался тем, что составил адресованное Николаю общего характера письмо или записку. В начале Крымской кампании, в 1854 г., он был переведен в Шлиссельбург. Он заболел цынгой, потерял все зубы и впал, после того, как он и после смерти Николая не был освобожден, в такое состояние духа, что несомненно покончил бы с собою, если бы его семье не удалось в марте 1857 г. добиться ссылки его на поселение в Западную Сибирь.
