Микельанджело досталось и другое наследие Антонио да Сан Галло — постройка укреплений Борго. Его мнение по поводу плана Антонио папа запрашивал раньше. И к этой работе своего недруга Микельанджело отнесся критически, но не придирчиво. Антонио старался опорочить его критику заявлением, что он, живописец и скульптор, в фортификации ничего не понимает. Этим он разозлил Микельанджело до последней степени, и тот наговорил ему много дерзостей. Впрочем, остыв, он продолжал признавать и хорошие стороны плана Антонио. Приняв руководство постройкой укреплений, Микельанджело пришлось тряхнуть стариною и вспомнить, как он работал над укреплением Флоренции пятнадцать лет тому назад. Трудно ясно представить себе, в чем расходились точки зрения Микельанджело и Антонио и как они относились к мнению военных экспертов, принимавших участие в совещаниях. По-видимому, Микельанджело поддерживал против военных советников ту точку зрения, что не следует стягивать пояс укреплений более плотно вокруг Борго. Во всяком случае, его работа в этой области не была очень интенсивна.
Папа Павел не дожил ни до окончания Палаццо Фарнезе, пи до завершения фортификационных работ у Борго. Со следующими четырьмя папами, при которых суждено было жить Микельанджело и при которых Католическая реакция становилась все чернее, его отношения были лишены личного характера. Это были Юлий III, Марцелл II, Павел IV, Пий IV. Все они очень его почитали. Марцелл, который ссорился с ним, будучи кардиналом, пробыл папой всего двадцать дней и не успел устроить ему никаких неприятностей. Работам художника эти папы не только не мешали, но всячески содействовали. Силы его были отданы, конечно, главным образом собору св. Петра, но даже совершенно поглощенный этой колоссальной задачей, он успевал оторваться от нее для менее важных сооружений.
В 1559 году Микельанджело составил план церкви Сан Джованни деи Фьорентини, которую хотели соорудить в Риме члены флорентийской колонии. Герцог Козимо восторженно одобрил это намерение, и ученик Микельанджело Тиберио Кальканьи сделал по его указанию подробные чертежи и модель. Этот проект был выбран флорентийцами из пяти, которые представил им Микельанджело, и был самым богатым. Художник тогда сказал им, что если они выполнят этот проект, то храмом своим превзойдут и греков и римлян. «Подобных слов, — говорит Вазари, — ни прежде, ни после не исходило из уст его, ибо он был человеком чрезвычайно скромным». Но прижимистые флорентийские купцы убоялись расходов, и дело сорвалось. Для Микельанджело это было большим огорчением.
