Когда Фридрих совершал полное приключений путешествие в Германию, императорская Пиза приняла сторону императора Вельфа Оттона IV, а враждебная последнему Генуя поддержала молодого сицилийского короля, дав ему приют, пропитание и кредиты. Благодаря услуге, предоставленный юному Фридриху, генуэзцы вскоре получили преимущественное положение наострове. Они также поддерживали короля против недружелюбной Пизы. После падения Оттона IV на Сицилии воцарилось генуэзское господство в торговле.
С какой разбойничьей жестокостью велась на Сицилии борьба морских держав за доминирующее положение в торговле, Фридрих узнал еще в годы своего несовершеннолетия. Пизанские моряки — купцы, по возможности действующие и как корсары, — завоевали Сиракузы, изгнали епископа и жителей, устроили пиратскую крепость под защитой Пизы. Пизанцы охотно поддерживали их опорный пункт, хотя, используя дипломатическую хитрость, официально дистанцировались от разбойничьего порта.
Летом 1204 года — Фридриху к тому времени уже исполнилось десять лет, и он осознанно переживал происходящее — случай привел большой генуэзский флот на Крит. Они задумали отобрать у пизанцев Сиракузы. Предводителем стал знаменитый генуэзский корсар Аламан да Коста. На Мальту прибыли для подкрепления генуэзские галеры. Совместными усилиями они захватили Сиракузы, и морской разбойник Аламан да Коста отныне стал именоваться «Божьей, королевской и города Генуи милостью графом Сиракузским и другом короля».
Гнездо морских разбойников находилось под защитой Генуи, на деле сумевшей реализовать определенные права на Сиракузы согласно привилегии, полученной от императора Фридриха Барбароссы. Обладая Сиракузами, Мальтой и Критом, Генуя держала в своих руках важнейшие бастионы торговли с Востоком.
Однако тирании морских разбойников не было места в королевстве Фридриха. Генуэзцы бросились к папе, и граф Сиракузский нашел у него — как и все противники Фридриха — приют и понимание. Затем Фридрих нанес решающий удар. Для этого ему не потребовались ни войска, ни флот, а лишь уже упомянутые «Капуанские Ассизы». Некоторым препятствием явилось то, что при проверке предоставленных городу привилегий установили: их выдача производилась до 1189 года, известного как год вступления их в силу.
Но Фридрих легко решил данную проблему: на придворном совете в Мессине в мае 1221 года он перенес отправной год с 1189 на 1154-й, год смерти короля Рожера II. Одновременно он привел в действие статью закона «Капуанских Ассиз», отменяющую всякое преимущество иностранцев перед коренным населением в освобождении от таможенных пошлин и сборов.
