Первая же коллизия привела к столкновению с папой в вопросе о разделении церковной и светской властей.
Фридрих повлиял на результаты выборов на свободный с декабря 1208 года пост архиепископа Палермо. Это считалось нарушением, поскольку его покойная мать в 1198 году отказалась от права назначать сицилийских епископов. Основанием Фридриху послужил Беневентский договор, заключенный королем Вильгельмом I с папой и расширявший права короля по отношению к сицилийской церкви.
Понимая направленность политики Фридриха, папа в отеческом тоне разъяснил неправомерность Беневентского договора, принятого папой под давлением. И настойчиво указал на заявленный императрицей Констанцией отказ от претензий. В обходительном тоне, но по существу жестко он предостерег правителя от посягательств в будущем на права церкви, напомнив Фридриху — светской властью он обязан исключительно ему, папе.
Королю пришлось отступить. Удивительно, что он вообще противопоставил себя папе, которому в самом деле был обязан своим королевским троном. Были ли тому причиной плохие советчики, как предполагал папа, или юношеское легкомыслие, или стремление вновь получить безраздельную королевскую власть предков, стремление, позволившее забыть о таких моральных ценностях, как благодарность и верность?
Величайшей задачей Фридриха стало возвращение владений королевской короны. Уже в феврале 1209 года он приказал перепроверить раздачу привилегий на Сицилии и в Калабрии, намереваясь потребовать возврата королевской собственности из неправедных рук.
Этим он нажил врагов среди всех, кто владел королевским добром. В их число входили канцлер Вальтер Пальяра и его семья. Юный правитель уже в 1209 году лишил канцлера власти (Вальтер занимал пост архиепископа Катании). Протест папы король оставил без внимания.
Фридрих сумел преодолеть трудности, опираясь на дворян и служителей церкви, доказавших свою преданность королю в годы его несовершеннолетия. При этом Фридрих использовал дар, о котором с похвалой отзывался автор письма, — умение «различать верность и неверность». Он приблизил к себе Пагануса Паризийского, графа Бутеры, с юга острова и владельца Патерно из Западной Катании, уже в марте 1209 года приняв его в семейный совет. Епископ Ансельм из Патти и епископ Иоганн ди Чефалу, происходящий из аристократической семьи Чикала, — люди, возвысившиеся во времена правления Генриха VI, тоже приняли сторону короля. На материке Сицилии он утвердил Дипольда фон Швайнспойнта, графа Ачерру, капитаном и верховным судьей Апулии и Терра-ле-Лаворо — «Божьей и королевской милостью», как говаривал этот самоуверенный человек. В Апулии управляли граф Фонди, Ричард фон Аквила. Прежде всего следует отметить Берарда, будущего архиепископа Бари, а затем Палермо, верой и правдой служившего Штауфену вплоть до его смерти в 1250 году. И его император тоже принял в круг ближайших сподвижников.
