Будучи сторонником механистического миропонимания, Лесгафт отрицал наследственность. Он утверждал, что зародыш получает от своих родителей только больший или меньший запас энергии и все развитие его строения зависит от проявлений акитвности этой энергии в соотношении с механическими условиями среды. Еще более ненавистен был ему дарвинизм. Он говорил, что объяснение происхождения видов ссылкою на борьбу за существование и переживание приспособленных, есть схоластика, подменяющая наблюдение фактов словесными схемами.
Сам он придерживался своеобразно модифицированного ламаркизма, выводя изменение строения организма и развитие новых форм из упражнения или неупражнения органов. Замечательно, что в основе научных симпатий и антипатий Лесгафта лежали не столько теоретические, сколько практические, именно нравственные, требования: его идеалом в жизни была свобода и самостоятельность личности, проявляющей себя в честном общественно–полезном труде, а в науке его интеллектуальная совесть требовала ясной и отчетливой мысли, проверяемой опытом.
Его лекции, содержавшие в себе изложение системы биологии, иллюстрируемой многими примерами из жизни животных и человека, имели целью не только собощать теоретические сведения, но и воспитывать нравственный характер слушателей. Ценил он только тех студентов, которые не ограничивались слушанием лекций, но принимали также участие в практических работах и обнаруживали при этом настойчивость и выдержку.
Лесгафт был в университете приват–доцентом. От профессуры он отказался для того, чтобы сохранять свободу. Так, например, он читал свой курс анатомии для натуралистов три года, тогда как обязательный курс, читаемый профессором, был краткий, годовой. Не удивительно поэтому, что первый год Лесгафта слушало множество студентов, человек четыреста, но, сдавши в конце года экзамен у профессора по краткому учебнику, они на второй год уже не продолжали заниматься анатомиею. Заключение своего курса на третий год Лесгафт читал уже не в университете, а у себя на дому в доме графа Левашова на Фонтанке N° 18 (рядом с Департаментом полиции).
Третий год был посвящен проблемам психологии в связи с анатомиею и физиологиею. Лесгафт уделял в нем много места учению об эмоциях, особенно о чувственных страстях и связанных с ними изменениях в строении тела; он излагал при этом подробно учение о выражении эмоций и приносил трактаты на эту тему, снабженные иллюстрациями.
