Центральное место в МИД РФ, как и в аналогичных ведомствах других стран, принадлежит оперативным (территориальным и функциональным) департаментам. Соответственно имеются подразделения, в круг ведения которых входят группы государств, объединяемые по региональному признаку (департаменты Северной и Латинской Америки, Европы, Азии, Африки, Ближнего и Среднего Востока и др.), а также проблемы разоружения, прав человека, гуманитарного, научного и культурного сотрудничества, информации, деятельности международных организаций, поддержание постоянных контактов с политическими и общественными организациями в своей стране, международно-правовые, консульские, юридические и иные вопросы. В структуре министерства имеются послы по особым поручениям, советники при министре, общий секретариат, историко-дипломатический департамент, центральная научная библиотека, административно-хозяйственные службы. К оперативным функциональным отделам относится и Протокольный департамент, на который возложены функции единого государственного протокола РФ. При МИД РФ имеется специальное подразделение, занимающееся хозяйственным и частично организационным обслуживанием дипломатического корпуса, а также иностранных корреспондентов и представителей иностранных фирм (при соответствующих обращениях с их стороны).
Зарубежные органы внешних сношений подразделяются на постоянные, к которым относятся дипломатические представительства (посольства, миссии) в отдельных странах, постоянные представительства при международных организациях и консульские учреждения, а к временным — специальные миссии и делегации на международных конференциях или в международных органах.
Современным международным правом предусматривается возможность обмена диппредставительствами между государствами на одном из трех уровней — посольства, во главе с представителем, имеющим класс посла (нунция — представитель Ватикана), миссии, возглавляемой посланником (интернунцием — представитель Ватикана) и миссии, возглавляемой поверенным в делах. Послы (нунции) и посланники (интернунции) аккредитуются при главах государств, а поверенные в делах — при министрах иностранных дел. Важно иметь в виду, что уровень представительства не отражается в принципе ни на объеме выполняемых им функций, ни на иммунитетах и привилегиях дипломатических представительств и их персонала. В Венской конвенции о дипломатических сношениях зафиксировано, что «иначе как в отношении старшинства и этикета, не должно проводиться никакого различия между главами представительств вследствие их принадлежности к тому или иному классу». К тому же у государств всегда существует возможность с учетом последовательного улучшения отношений повысить уровень своих представительств и преобразовать их из миссий в посольства, а посланников, которыми обменивались до этого решения, возвести в ранг послов.
