С июля по октябрь 1941 года соединение дислоцировалось в ближайшем Подмосковье, проводя интенсивную боевую учебу по специальным программам. Но уже в этот период в тыл врага были направлены первые разведывательно-диверсионные отряды. В конце августа 1941 года на оккупированной территории Смоленской, Орловской, Курской, Брянской областей, а также в ряде районов Белоруссии и Украины начали действовать отряды Д. Н. Медведева, А. К. Флегонтова, В. Зуенко, особая спецгруппа и несколько оперативных групп.
В начале октября 1941 года войска Особой группы были переформированы в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения НКВД СССР (ОМСБОН) в составе 1-го и 2-го мотострелковых полков (7 батальонов), четырех отдельных рот (саперно-подрывной, связи, автомобильной, парашютно-десантной), разведывательно-диверсионного отряда, школы младшего начсостава и специалистов. Общая численность бригады составляла 10 500 человек. В октябре 1943 года бригада была переименована в Отряд особого назначения (ОСНАЗ) при НКВД-НКГБ СССР (в некоторых источниках соединение называется Отдельным отрядом особого назначения (ОООН).
С 15 октября 1941 года ОМСБОНом командовал полковник М. Ф. Орлов, бывший начальник Себежского училища войск НКВД, заочник Военной академии им.
М. В. Фрунзе. Комиссаром бригады был чекист А. А. Максимов. После его гибели комиссаром стал депутат Верховного Совета СССР первого созыва, полковой комиссар А. С. Майсурадзе. Руководителями разведки ОМСБОНа были чекист Антуфеев и майор-пограничник Б. К. Спиридонов. 1-м полком бригады некоторое время командовал H. Е. Рохлин. Затем его командиром был назначен подполковник В. В. Гриднев (в 1942–1943 годах он командовал ОМ С БО Ном), комиссаром — старший лейтенант госбезопасности С. И. Волокитин. Командиром 2-го полка стал майор С. В. Иванов, комиссаром — майор С. Т. Стехов.
Перед ОМСБОНом ставились задачи: оказание помощи Красной армии посредством разведывательных, диверсионных, военно-инженерных и боевых действий; содействие развитию массового партизанского движения; дезорганизация фашистского тыла, выведение из строя коммуникаций врага, линий связи и других объектов; осуществление стратегической, тактической и агентурной разведки; проведение контрразведывательных операций.[31]
Боевой деятельностью бригады руководил 2-й Отдел (созданный 3 октября 1941 года на базе Особой группы), а затем — 4-е Управление НКВД во главе с Павлом Судоплатовым.
