Свой нынешний облик палаты получили при патриархе Никоне во время его шестилетнего правления (1652–1656). В это время увеличилась площадь палат за счет бывшего двора Бориса Годунова, на месте которого была возведена домовая церковь, которая в 1681 г. получила название Двенадцати Апостолов. Им была посвящена одна из больших и не типичных для своего времени икона с изображением всех апостолов. Обычно на иконе помещали лик одного святого. Одна из стен домовой церкви примыкала к покоям патриарха. В этой стене на высоте пяти метров было проделано специальное окно, через которое Никон, не выходя из помещения, мог слушать церковную службу. Через парадные сени можно было выйти из палат и пройти к Успенскому собору.
В целом Патриаршие палаты представляли собой второй белокаменный дворец после Теремного, выстроенного в 1635–1636 гг. Вокруг второго этажа Патриарших палат проходила окружная галерея. К этому времени Крестовая палата представляла собой большой бесстолпный зал, перекрытый сомкнутым сводом.
Один из самых больших залов – Крестовую палату также называли Большой трапезной. Она была восстановлена архитектором М. Ф. Казаковым в 1790–1796 гг. Окна украшены необычным русским стеклом – слюдой, а настоящим итальянским. Муравленый кирпич зеленых тонов служил полом. Стены палат никогда не белили, а обивали войлоком, украшали кошмой, бархатом. Печи хотя и отделывали разноцветными изразцами, но все равно занавешивали яркой тканью.
В 1721 г. Петр I отдал Трапезную Синоду и она получила название Синодального дома. В 1763 г. в Крестовой палате установили большую печь для варки церковного мира и палату стали называть Мироваренной. В Мироваренной печи на березовом угле варили мир. Тогда в состав мира входило 60 компонентов, теперь только 30. После революции 1917 г. в Кремле не хватало помещений и в Трапезной жили люди, а в 1936 г. был устроен спортивный зал для солдат. Лишь в 1958 г. после реставрации здесь была устроена экспозиция из старинных вещей Оружейной палаты.
Юго-восточный угол Крестовой палаты, как и в церкви, самый почетный. Во времена Никона в этом месте стоял стол для государя и стольников. Далее на лавках за столами восседали бояре. Здесь могли принимать иностранных послов, для чего присутствовали переводчики. Но толмачи сидели спиной к государю, чтобы его не сглазить. В зале прекрасная акустика. Было определено специальное место, откуда звук распространялся особенно хорошо и звонко, это место называли «голосовой ямой». Здесь находился чтец. Прежде чем принимать пищу, надо было обязательно помолиться, ведь «еда без молитвы, что еда в хлеву».
