Лидер грузинского национального движения, известный правозащитник, один из учредителей Грузинской Хельсинкской группы и один из организаторов апрельского митинга 1989 года Звиад Гамсахурдия в ноябре 1990 года был избран председателем Верховного совета Грузии, а в мае 1991 года – первым президентом независимой Грузии, набрав 87 процентов голосов. За время своего краткосрочного президентства Гамсахурдия дал силу новому витку грузино-южноосетинского конфликта, фактически развязав гражданскую войну. Его правление завершилось в декабре 1991 года в результате мятежа частей Национальной гвардии (входившей в состав вооруженных сил Грузии) под командованием Тенгиза Китовани и военизированных националистических отрядов «Мхедриони» под предводительством Джабы Иоселиани. За две недели столкновений с использованием артиллерии и танков были захвачены стратегические объекты в Тбилиси, атаковано здание парламента, а сам Звиад Гамсахурдия бежал из страны.
Власть перешла к Военному совету, вскоре преобразованному в Государственный совет Грузии, во главе которого 10 марта 1992 года встал бывший первый секретарь ЦК Компартии Грузинской ССР Эдуард Шеварднадзе. Он же до 1995 года оставался руководителем страны в должности председателя парламента, а после, набрав на выборах 5 ноября 1995 года 72,9 процента голосов, – в качестве президента.
Гамсахурдия, вернувшись на родину через год после бегства, возглавил правительство в изгнании. Его сторонники, так называемые звиадисты, продолжали партизанское движение, захватывая города Западной Грузии и Абхазии. Но к ноябрю 1993 года правительственным войскам удалось вернуть контроль над всеми территориями, захваченными звиадистами, а сам Звиад Гамсахурдия 31 декабря 1993 года покончил жизнь самоубийством (хотя факт самоубийства до сих пор ставится под сомнение).
Тенгиз Китовани в 1995 году был арестован и пять лет провел в тюрьме за создание незаконных вооруженных формирований. Другая ключевая фигура сопротивления, глава уже запрещенных к тому моменту отрядов «Мхедриони» – Джаба Иоселиани – в 1998 году был приговорен к 11 годам лишения свободы за измену родине, организацию покушения на президента и несколько убийств, но в 2001 году (за два года до смерти) получил от Шеварднадзе помилование.
Устранение политической напряженности не принесло Грузии спокойствия. Из политического кризиса вырос кризис социально-экономический, с которым Шеварднадзе за время своего правления так и не смог справиться. Сам он так подводит итоги своего президентства: «Когда в 2003 году я уходил в отставку, разрушенный Тбилиси был уже восстановлен, стремление Грузии принять участие в европейском интеграционном процессе стало свершившимся политическим фактом. <…> Строительство нефтепровода Баку–Тбилиси–Джейхан шло полным ходом. <…> Грузия в 2003 году обладала независимым парламентом и независимой реформированной судебной системой, свободной прессой и довольно широкой сетью неправительственных организаций»
