Воздействием царя можно объяснить стремительную карьеру Медведева на Печатном дворе. А в ноябре 1677 г. Федор Алексеевич санкционировал создание в Кремле Верхней типографии (издания которой были впоследствии прокляты патриархом). Это было, по оценке исследователей, «невероятным событием, неслыханным новшеством» — мощное бесцензурное издательство для новой, в том числе беллетристической литературы. И оно могло осуществиться только потому, что царь нашел Медведева — человека, способного взять на себя практически всю редакционную сторону этой части программы просветительской деятельности.
Типография с новейшим оборудованием и участием в оформлении книг главы царских живописцев Симона Ушакова выдала первую продукцию в 1679 г. Тогда же далеко за границами России услышали о твердом намерении государя «Академию устроить». Одни, как А. Х. Белобоцкий, устремились в Москву, чтобы передать студентам знания, полученные в университетах Франции, Италии и Испании. Из самого Иерусалима патриарх Досифей слал царю и патриарху Иоакиму грамоты с требованием вовсе запретить в России книги на латыни — этом универсальном языке науки — а укрывателей их казнить смертью. Отечественные «мудроборцы» кричали, что если в Москве станут изучать латинский язык, то она станет добычей иезуитов, призывали «угасить малую искру латинского учения», иначе «пламень западного зломысленного мудрования… попалит… православия восточного истину».
Не в силах воспрепятствовать открытию Медведевым на средства царя Федора Славяно-латинского училища, «мудроборцы» во главе с патриархом Иоакимом и при помощи Досифея отошли на вторую линию обороны, доказывая, что учиться можно, но только духовным вещам и… по-гречески. В том же 1681 г. они открыли Типографскую славяно-греческую школу, продолжая усиленно проклинать латынь и вовсе не упоминая о существовании светской науки. Понятно, почему в «Привилегии» появилось положение, что только совет Академии может объявлять какие-либо учения и книги опасными для веры и «свидетельствовать» благочестие преподавателей.
Объявляя, что Академия как раз и защитит чистоту православия, Федор Алексеевич выбивал оружие из рук «мудроборцев». Царь и в этом, как и в других случаях, шел на острый конфликт с патриархом, но на сей раз не собирался отступать. Принципы Академии были объявлены, кадры для нее готовились, но смерть унесла самодержца. При царевне Софье Верхняя типография была разгромлена, Славяно-латинское училище закрыто: сочувствовавшая Медведеву правительница не смогла противостоять патриарху. После свержения царевны, по требованию Иоакима, Медведеву отрубили голову.
