— учебно-исследовательский отдел по письменам и символам (рунологии), который весной 1943 года был переименован в отдел рунологии и символистики;
— собственно фонд «Наследие предков», исследовательский отдел метеорологии (геофизики);
— исследовательский отдел астрономии, исследовательский отдел геологии и минералогии, исследовательский отдел остеологии, учебно-исследовательский отдел раскопок, учебно-исследовательский отдел топографии и ландшафтного символизма, учебно-исследовательский отдел Центральной Азии и экспедиций;
— исследовательский отдел биологии, исследовательский отдел Средних веков и новейшей истории;
— учебно-исследовательский отдел кельтских народов, учебно-исследовательский отдел оккультовых наук, учебно-исследовательский отдел первобытной истории;
— учебно-исследовательский отдел древней истории, учебно-исследовательский отдел истории первобытного общества. В разное время были созданы еще исследовательские отделы: естествознания доисторического периода, германского искусства, геральдики и родовых эмблем, германской архитектуры, индо-германских и финских культурных связей, народной медицины, а также учебно-исследовательские отделы: германистики, германской культуры и местного фольклора, германской традиции и фольклористики, классической филологии и Древнего мира, народных легенд, сказок и саг.
В составе «Аненэрбе» можно считать и Институт научных исследований военного значения (ИНИЦВЗ), который руководитель административного управления «Аненэрбе» Вольфрам Зиверск тайно создал 7 июля 1942 года по личному приказанию Генриха Гиммлера. В области исследований он не занимался «Наследием предков», но постоянно использовал техническую и архивную базы «Аненэрбе». Итак, каких только исследовательских и учебно-исследовательских отделов в этом перечне нет! Энтомология и генетика, медицина и гомеопатия, математика и языкознание, агрономия, ботаника и история, археология и антропология, химия и физика. А наряду с ними — алхимия, парапсихология, астрология, уфология и т. д.
С началом Второй мировой войны институт «Наследия предков» перестал быть просто историко-культурным и исследовательским центром. Его специальные айнзацштабы работали во многих городах Европы (в Берлине, Белграде, Салониках, Будапеште, Париже, Ницце, Брюсселе, Амстердаме, Копенгагене, Осло), а 350 специалистов с учеными степенями возглавляли раскопки курганов на У крайне и древних стоянок в Париже и Амстердаме; после того, как с 1 января 1942 года «Аненэрбе» было включено в состав личного штаба рейхсфюрера СС Гиммлера, в библиотеку «Наследия предков», созданную в замке Оберайхльберга (вблизи Ульма), и замок Миттерзилль (округ Зальцбург) стали активно поступать предметы искусства и истории из Западной Европы и из СССР. Однако, скорее всего, эти поступления были лишь легендой прикрытия и способом сохранить земные сокровища для Третьего рейха. Истинные же цели деятельности института неизвестны и сегодня.
