Вновь попал за решетку и Эйтингон. Имя его прозвучало с высокой партийной трибуны. Новый министр внутренних дел СССР Сергей Круглов, в течение 6 лет бывший заместителем Берии, обвинял своего бывшего шефа за то, что тот привлек к работе «таких людей как Райх-ман, Эйтингон, Судоплатов, Мешик, Мильштейн и других, которые абсолютно не пользуются политическим доверием коллектива и были до его прихода изгнаны из органов МВД.
В настоящее время стало ясно, что теперь необходимо иметь у себя до конца преданных ему людей.
Особое внимание привлекает создание в последнее время Берией, в обход утвержденной Центральным Комитетом структуры министерства, нового отдела, лично подчиненного ему и неизвестно чем занимающегося. Даже кадры в этот отдел подбирались помимо Управления кадров министерства. В этот отдел берется тот же Эйтингон, только что освобожденный из тюрьмы, некто Василевский, пользующийся сомнительной репутацией, близкий человек к Берии, некто Правдин, по национальности француз, и так далее…»
20 июля 1953 года Эйтингон был уволен из МВД в запас Министерства обороны, но уже через месяц арестован вновь по обвинению в сообщничестве Берии. Четыре года пробыл в заключении в Бутырской тюрьме без суда. В 1957 году (в отличие от Судоплатова, получившего 15 лет), он был приговорен Военной коллегией Верховного суда СССР к 12 годам тюремного заключения, поскольку ему было зачтено пребывание в тюрьме в 1951 – 1953 годах.
На заседании суда в последнем слове он заявил: «Вы судите меня как человека Берии. Но я – не его человек. Если я – чей-то, тогда считайте меня человеком Дзержинского. Но если быть более точным, то я – человек партии. Я выполнял ее задания и государственные. И с вами о них я говорить не буду. Я считаю, что моя жизнь не дороже государственных тайн, которыми я обладаю.
А по вашим лицам я вижу, что вы уже все решили. Поэтому – молчу…»
Генерал Эйтингон полностью отбыл свой срок во Владимирской тюрьме, вместе с Судоплатовым и Матвеем Штейнбергом, разведчиком-невозвращенцем, который все-таки вернулся в 1956 году из Швейцарии и получил 12 лет тюрьмы.
Некоторые бывшие коллеги и люди', знавшие его в боевой обстановке, не захотели помочь, как, например, маршал Родион Малиновский, министр обороны СССР, знакомый по Испании. Но вступились Герои Советского Союза Евгений Мирковский, Станислав Ваупшасов, Кирилл Орловский (первый выступил с ходатайством полностью реабилитировать и освободить из тюрьмы Эйтингона еще в феврале 1958 года), Долорес Ибаррури, руководители французской и австрийской компартий, приехавший в Москву после 20 лет тюрьмы Рамон Мер-кадер (в 1960 году стал Героем Советского Союза) и его мать Каридад писали письма в ЦК с просьбой о пересмотре дела Судоплатова и Эйтингона.
