Комиссия Шуйского вернулась в Москву в конце мая, в разгар борьбы между правителем и оппозицией. Она тотчас же представила властям отчет о своей деятельности. 2 июня главный дьяк Щелкалов зачитал текст угличского «обыска» высшим духовным чинам, собравшимся в Кремле. Устами патриарха Иова собор одобрил работу комиссии и полностью согласился с выводом о нечаянной смерти царевича. Упомянув мимоходом, что «царевичю Дмитрию смерть учинилась божьим судом», патриарх посвятил свою речь «измене» Нагих, которые вкупе с угличскими мужиками побили «напрасно» государева дьяка Битяговского и других приказных людей, стоявших «за правду». По существу глава церкви санкционировал прямую расправу с Нагими и другими заводчиками угличского бунта. Закрывая собор, он заявил, что мятеж Михаила Нагого и мужиков-угличан — «дело земское, градцкое, в том ведает бог да государь… все в его царской руке»[303]. На основании патриаршего приговора царь Федор приказал схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились». Дворянин Ф. А. Жеребцов, служивший до этого приставом у ссыльного А. Ф. Нагого в Ярославле, получил приказ арестовать в Угличе ряд лиц и немедленно доставить их в Москву.
Началось новое расследование «измены» Нагих. Материалы его не сохранились. Но источники позволяют воссоздать в общих чертах ход розыска. Наибольшую осведомленность обнаружил автор «Нового летописца», широко использовавший подлинные документы царского архива. По его словам, события развивались в следующем порядке. Когда Василий Шуйский с товарищами вернулся в Москву и доложил о «самозаклании» Дмитрия, царь вызвал Нагих в Москву и положил на них опалу. Михаила Нагого вкупе с его братом Андреем взяли к пытке. Сам правитель Борис вместе с другими боярами присутствовал на Пыточном дворе. Описанные события имели место в Москве после доклада Шуйского 2 июня. Последующий ход розыска о поджоге Москвы Нагими кратко изложен в официальных заявлениях Посольского приказа. Не позднее середины июля 1591 г. дьяки поручили послам выступить за рубежом со следующим разъяснением насчет московских пожаров: «…то поворовали мужики-воры и Нагих Офонасея з братьею люди, то на Москве сыскано, да еще тому делу сыскному приговор не учинен». Новые заявления, сделанные за рубежом в 1592 г., гласили, что розыск по делу о пожарах закончен и «приговор им (виновным. — Р. С.) учинен… хто вор своровал, тех и казнили…»[304].
Завершив следствие, правительство произвело массовые казни «мужиков» — угличан. На современников они произвели страшное впечатление. А. Палицын утверждал, будто в Угличе погибло до 200 человек. Составитель «Нового летописца» отметил, что одним угличанам вырезали язык, других разослали по темницам или казнили; многих ссыльных увезли в Сибирь и там поселили во вновь построенном городке Пелым, «и оттово-де Углеч запустел». Мария Нагая тщетно молила пасынка царя Федора о прощении своих братьев. Власти конфисковали имущество у Нагих, а их самих подвергли тюремному заключению. Духовенство благословило правителя на расправу со вдовой Грозного. Царицу Марию насильственно постригли в монахини и сослали в пустынь на Белоозеро
