В действительности за семь лет до смерти Федора никто не мог предсказать в точности, кому достанется московская корона. Наибольшими правами на трон обладал не Годунов а двоюродный брат царя Федор Романов. Мир и согласие между правителем и Романовым в период угличского кризиса лучше всего доказывают, что династический вопрос был в то время не слишком злободневным. Царская семья надеялась на рождение наследника, и не без оснований; спустя год Ирина Годунова родила дочь.
Доказывая предвзятость следственного дела, историки ссылаются на жестокое наказание посадских людей-угличан[296]. Гонения на угличан подробно описаны в «Сказании Авраамия Палицына», «Сказании о Самозванце» и в других поздних источниках, составленных много десятилетий спустя на основании воспоминаний и слухов. Они могут дать лишь приблизительное представление о последовательности событий. В угличском судном деле, основанном на показаниях очевидцев, нет и намека на аресты или применение пыток комиссией Шуйского. В виде исключения следователи арестовали царицына конюха, что и было оговорено в протоколах допросов. Свидетели обличили конюха в краже вещей убитого Битяговского. Угличан подвергли преследованиям, после того как Шуйский доложил в Москве о результатах расследования причин гибели Дмитрия и власти учинили новое расследование об измене Нагих и поджоге Москвы.
Оппозиция пыталась использовать гибель Дмитрия, чтобы опорочить правителя Бориса Годунова и добиться его отстранения от власти. Едва весть об «убийстве» царевича Дмитрия достигла Ярославля, противники Бориса распорядились среди ночи бить в колокола. Поднятым с постели жителям объявили, что сына благоверного царя Ивана предательски зарезали подосланные убийцы. Поднявшие ночную тревогу люди рассчитывали, что ярославцы последуют примеру угличан, но они ошиблись в своих расчетах. Д. Горсей находился в Ярославле и описал происшествие как очевидец. Он не назвал по имени инициаторов обращения к посаду, но из его рассказа можно заключить, что инициатива исходила от Нагих. Находившийся в ярославской ссылке А. Ф. Нагой первым получил от братьев весть о гибели Дмитрия и тотчас явился к Горсею за снадобьями для своей племянницы Марии Нагой. Затем ударил набат.
Главной ареной борьбы между Годуновым и оппозицией стала Москва. Положение в столице приобрело тревожный, даже критический характер задолго до смерти Дмитрия. На московских улицах со 2 мая появились военные отряды, получившие приказ «беречь город от огня и ото всякого воровства». Охрана порядка в Москве была возложена на знатных дворян князя В. П. Туренина, А. Ф. Головина, князя В. Г. Звенигородского и др.
