Когда Кох открыл холерный вибрион, Петтенкофер не отрицал, конечно, правильности этого открытия; он и сам думал о возбудителе, обладающем живой природой. Но у него были другие представления об этом. Прежде всего Петтенкофер не верил в простую передачу инфекции и говорил: "В настоящее время вопрос в основном ставится о том, как подобраться к этой бацилле, как ее уничтожить или помешать ее распространению. Борьбу против микробов считают сейчас единственно действенной профилактикой и игнорируют целый ряд эпидемиологических фактов, которые решительно свидетельствуют против гипотезы о простой заразности холеры. Многие судят все больше по наблюдениям за "холерной запятой" в колбе, или на стеклянной пластинке, или же в культурах, совершенно не заботясь о том, как холера выглядит в процессе практического эпидемиологического распространения".
Естественно, что Петтенкофер подошел к проблеме холеры прежде всего с позиций своей науки. Как профессор гигиены он должен был даже читать лекции на эту тему, не говоря уже о том, что, как сказано выше, он рассматривал холеру чуть ли не как своего личного врага.
Даже "охотники за микробами", как называл их Петтенкофер, своим существованием доказывали, что есть люди, которые в силу особенностей своего организма или по каким-то иным причинам, предохраняющим их от болезни, остаются здоровыми даже при сильной эпидемии. Уже давно известен феномен врожденного или приобретенного иммунитета. Известно также, что в каждом отдельном случае важную роль играет состояние здоровья человека, в частности функционирование желудка и кишечника.
Для Петтенкофера проблема холеры в целом была уравнением сначала с двумя, затем даже с тремя неизвестными. Открытие "холерной запятой" еще не вносило ясности в это уравнение. Без сомнения, он мог считать себя специалистом в области эпидемиологии. "Существуют, - говорил он, территориальные и временные факторы, благоприятствующие возникновению эпидемии". Наибольшее значение в этой связи он придавал состоянию грунтовых вод. По его мнению, от насыщенности грунта водой зависит процесс гниения органических субстанций, с которыми сливается носитель холеры. Под носителем холеры он подразумевал обладающее внутренней организацией специфическое вещество чрезвычайно малого объема, наподобие тех, что вызывают брожение.
Петтенкофер был гигиенистом Мюнхена и нес ответственность за здравоохранение города. В соответствии со своей теорией он приказал содержать в чистоте улицы города, чтобы противодействовать развитию носителей холеры. Дезинфекции кала и мочи больных, рекомендованной им поначалу, - упоминание об этом можно найти в документах о холере, относящихся к 1866 году, - он больше не доверял, считая ее в лучшем случае превентивным средством, употребимым еще до начала эпидемии. Он, конечно, высказывался против неразумных попыток дезинфекции писем, приходящих из дальних стран (их сначала прокалывали иглой, а затем окуривали). Он был также против карантинов и рекомендовал при начале холеры направляться в местности, признанные свободными от заражения.
