Весьма непростая ситуация в зарейнской Германии заставила братьев-майордомов срочно решать накопившиеся внутренние проблемы в Галлии. Необходимо было восстановить отношения с церковью, обострившиеся из-за секуляризации ее земель. Новую церковную реформу в своих областях начал Карломан, обсуждая механизм возвращения либо компенсации церковных имуществ на поместных синодах. В 745 г. был созван общегосударственный церковный собор, выработавший компромиссные решения. Все бенефиции, учрежденные Карлом Мартеллом на церковных землях, признаются собственностью церкви; бенефициарии должны были выплачивать двойную десятину от доходов в пользу церкви (как за светское и как за духовное держание). Такие бенефиции получают статус «прекариев по королевскому повелению». Владельцы по-прежнему должны нести службу в пользу короля; церковь не имела права отнять такой военный прекарий.
Общий курс на усиление централизации власти коснулся и церковной организации. Собор установил строгую иерархию церковных должностей по примеру государственной: от простых священников до архиепископов. Ежегодно подобно созываемым советам светской знати должны созываться церковные соборы. В монастырях устанавливается пошатнувшаяся дисциплина на основе бенедиктинского устава, предписывавшего клиру ежедневный труд, литургическую грамотность, запрещавшего ношение оружия, занятия охотой и военным делом. Консолидация церкви вокруг центральной власти имела, кроме прочего, цель — оторвать местную светскую знать от прелатов. Новые канонические правила делали для нобилей, особенно молодых, карьеру на духовном поприще малопривлекательной.
Слабость власти римских пап, притесняемых лангобардами, а также стремление лангобардских королей захватить Баварию привели к длительному политическому союзу Каролингов и папства. Пипин Короткий нуждался в легитимации своей власти уже в качестве короля, освященной авторитетом первосвященника католического мира. К папе Захарию отправилось посольство, «чтобы спросить его о королях во Франции, которые не имели в то время королевской власти, хорошо ли это или нет. И Захарий велел передать Пипину, что лучше именовать королем того, кто имеет власть, нежели того, кто проживает, не имея королевской власти. И дабы не нарушался порядок, приказал своей апостольской властью Пипину быть королем». В 751 г. на собрании знати в Суассоне Пипин был избран по обычаям франков и миропомазан королем. Последний меровингский король Хильперик был пострижен в монахи. Началось, уже де-юре, правление Каролингской династии.
