Появление славян в Восточной Германии было обусловлено миграциями вандалов, готов, гепидов и других народов на юг. Славяне заняли территории к северу от Карпат и нижнего Дуная до Богемии и Моравии, и с VII в. стали соседями по Эльбе саксов и тюрингов. Оставшиеся на освоенных славянами территориях германские группы были, судя по данным археологии, славянизированы.
Наиболее нестабильной в конце V — VI в. была ситуация на Среднем и Верхнем Дунае. Около 400 г. в последний раз упомянуты маркоманны. От аламаннского союза отпали отдельные племена свевов. Часть из них ушла в Испанию, где они создали свое варварское королевство. Другая их часть, оставшаяся на Среднем Дунае, подпала под владычество гуннов, от которого освободилась только в 454 г., восстановив независимость наряду с ругиями и скирами. Их самостоятельность была ликвидирована остготами Теодориха; остатки этих племен Амал увлек за собой в Италию. В течение полувека шли нескончаемые конфликты между герулами, гепидами, лангобардами. Последние, выйдя победителями, принудили своих противников в 568 г. к совместному походу в Италию. Земли от Карпатского бассейна до Верхнего Дуная немедленно были заняты аварами, под чьим контролем на запад мигрировали и славяне.
Один из сложнейших этногенетических процессов шел в VI в. в местностях между Лехом и Инном, он привел к появлению этнонима Baiobari, Baioari, Bajuwarii — баварцы. Одна из наиболее вероятных этимологии — «люди из Байо (Богемии)». Археологам удалось найти убедительные связи между племенными группами, проживавшими по обеим сторонам Богемского леса и в местностях современной Баварии. В баварском этногенезе приняли участие остатки свевско-маркоманнских, лангобардских групп, а также провинциальное римско-варварское федератское население Реции. Франкское и остготское королевства высоко оценивали положение Реции как «коридора» для проникновения в Италию. Поэтому новому полиэтническому, во многом искусственному образованию оказывали дипломатическую, материальную и военную поддержку. После разгрома аламаннов у Цюльпиха в 496 г. Хлодвигом и включения их земель во франкское королевство путем длительных переговоров была установлена граница между Аламаннией и баварцами по р. Лех.
В 506-507 г. Теодорих Великий написал Хлодвигу, что дальнейшее уничтожение бунтующих аламаннов бессмысленно и что он, Теодорих, берет часть аламаннов под свою защиту. С этого момента начинается усиленная помощь остготов «людям из Богемии» с целью превращения последних в защитный буфер между Альпами и Дунаем. В 537 г. ввиду трудностей в войне с византийцами остготский король Витигес передал протекторат «над всеми аламаннами и соседними племенами» франкскому королю Теудеберту I. На территории объединенной Аламаннии франки создали аламаннский дукат (приграничный округ); сам этноним «баварцы» долго не появлялся во франкских источниках. Главой дуката (в немецкой историографии часто его называют герцогство) был поставлен дукс (герцог) Гарибальд, в жены которому дали лангобардскую принцессу Вальдераду. Таким образом, вопрос о происхождении баваров, равно как и ранняя история Аламаннии (в том числе баварской ее части), — проблема достаточно сложная и на сегодняшний день вряд ли удовлетворительно разрешимая.
