Священным Синодом в марте 1958 года по данным, имевшимся тогда в архиве, составлен список священников и епископов СПЦ, погибших на территории так называемой НДХ (Независимой Державы Хорватской) от рук усташей в период с апреля 1941-го до конца 1944 года. В мартирологе Сремской епархии (после войны отделенной от Белградской архиепископии) под номером 173 повествуется о мученической кончине игумена Рафаила (Момчиловича): «25 августа 1941 года в монастырь в сопровождении нескольких усташей ворвался пристав Никола Бунтак и арестовал игумена и еще трех монахов – Димитрия, Германа и Феофана. Отец Рафаил с монахами был увезен в Славонскую Пожегу. В поезде ему вырвали бороду, избивали, заставляя петь песни сербских четников[16]. На вокзале в Славонской Пожеге арестованные до 9 часов вечера ждали поезда из Славонского Брода, на котором привезли еще 400 арестованных сербов из уездов Босанский Брод и Дервент. На вокзале усташи связали сербов по четверо, во главе колонны поставили отца Рафаила с тремя монахами и повели по городу. По дороге усташи избивали сербов так, что старики, и среди них игумен Рафаил, спотыкались и падали; это приводило усташей в еще большее ожесточение, их избивали, выкрикивая: «А ну, четники, спойте свою песню “Святый Боже”!». Затем узников привели в больничный двор, в котором был устроен лагерь, выстроили и избивали каждого по очереди. После побоев их, едва живых, заставили бегом бежать к баракам. Игумен Рафаил, измученный и истерзанный, потерял сознание и упал, и те, кто бежал вслед за ним, вынуждены были бежать по его телу. Игумен-мученик, избитый до неузнаваемости, был помещен в лагерную больницу, а спустя четыре дня его перевезли в Сербию, в одну из белградских больниц. В больнице было установлено, что у отца Рафаила сломано пять ребер, многочисленные внутренние кровоподтеки. 3 сентября 1941 года игумен Рафаил скончался от полученных травм».
Из этого текста, составленного в канцелярии Синода на основании имеющихся в архиве данных, очевидно, что преподобномученик Рафаил (Момчилович) умер в белградской больнице после мучений, перенесенных в Славонской Пожеге, и захоронен на одном из белградских кладбищ или в каком-то из массовых захоронений, местонахождение которого тогда не было установлено. Один Господь Всеведущий знает место земного упокоения новомученика, душа же его пребывает в вечном блаженстве у подножия престола Божия.
3 сентября – день исповеднической мученической кончины игумена Рафаила, положившего душу свою за Христа, Православие и сербство,– этот день должен стать днем всенародного прославления его святого подвига.
