27 апреля 1941 года немецкий патруль из шести офицеров и солдат ворвался в здание митрополии. Один из нацистов спросил: «Ты тот самый митрополит, который выступал за войну с Германией? Ты заслуживаешь смерти». На что митрополит ответил: «Вы жестоко ошибаетесь, господин. Нашей вины в этой войне нет. Мы ни на кого не нападали, но не обманывайтесь, мы не сдадимся под ваши пули. Не дадим поглотить себя, словно каплю воды, мы народ – и имеем право на жизнь!».
В начале мая того же года митрополиту позвонил католический священник Божидар Брале, назначенный ответственным представителем усташей в Боснии и Герцеговине, и приказал в тот же день запретить всем священникам епархии употребление кириллицы и изменить все надписи на печатях на латинские, пригрозив, что, если в указанный срок распоряжение не будет исполнено, митрополита привлекут к ответственности. На что владыка отвечал: «Кириллицу нельзя уничтожить за 24 часа, и не забывайте, что война еще не закончена!». Такая позиция митрополита послужила поводом к его аресту 12 мая 1941 года.
Прежде чем митрополит Петр был арестован, он успел собрать подчиненное священство, чтобы дать указания о дальнейшей работе. Некоторые просили его благословения временно укрыться в Сербии, но митрополит ответил: «Оставайтесь со своими прихожанами и разделите с ними все, что бы ни случилось».
Его послушались все. Многие из этих священников приняли мученическую кончину, некоторые пережили войну и свидетельствовали о митрополите Петре и обо всем, что происходило в те страшные дни.
К вечеру 12 мая в митрополию пришли агенты-усташи и сообщили, что митрополит Петр должен немедленно последовать за ними в «дирекцию» для дознания. В «дирекции» он провел три дня. Вечером 17 мая он был перевезен в Загреб (столицу Хорватии) и заключен в полицейскую тюрьму. Вместе с ним там находились протоиерей Милан Божич, доктор богословия Душан Ефтанович и доктор богословия Воя Бесаревич. Были сделаны фотографии, сняты отпечатки пальцев. В усташской картотеке митрополиту был дан номер 29781. Оттуда спустя несколько дней он был отправлен в концлагерь Керестинац близ Самобора. В концлагере ему сбрили бороду, сорвали мантию и подвергли страшным истязаниям, после чего перебросили в другой концлагерь, предположительно в Госпич либо в Ясеновац.
Существует несколько версий гибели митрополита Петра, но главное нам известно – он остался верен Богу до конца. Брошены ли его земные останки в Карпову яму на Велебите или в раскаленную печь крематория концлагеря Ясеновац, неизвестно. Но известно доподлинно, что он предал душу свою Господу, так же как многие верующие, с ним пострадавшие за православное исповедание, ставшее для них лестницей небесной в объятия Христа Бога, Которому подобает честь, и слава, и дары, Ему благодатные,– святые мученики и новомученики.
