В XV веке Альфонс Тостат, епископ Авильский, также говорил, что некоторые отрывки (в частности, упоминания о смерти Моисея) не были написаны самим Моисеем. В принципе, еще в Талмуде отражено мнение, что данные строки принадлежат перу Иисуса Навина, преемника Моисея. Однако в XVI веке Андреас Боденштайн из Карлштадта, современник Лютера, заметил, что рассказ о смерти Моисея написан тем же стилем, что и предыдущее повествование. Стало быть, сомнительно, что Иисус Навин или кто-либо еще просто добавил несколько строк к Моисеевой рукописи. Это с большей остротой ставило вопрос о том, что принадлежит Моисею, а что является поздней вставкой.
На второй стадии исследований была выдвинута следующая версия: Моисей написал Пятикнижие, но впоследствии его текст прошел через руки редакторов, которые местами добавили отдельные слова и фразы. В XVI веке фламандский католик Андреас Мазиус, а также иезуитские ученые Бенто Перейра и Жак Бонфрер именно так ставили вопрос: первоначальный текст написан Моисеем, а последующие авторы делали добавления. Мазиус предположил, что поздний редактор вставил некоторые фразы и осовременил отдельные названия в целях большей удобопонятности. Книга Мазиуса попала в католический Индекс запрещенных книг.
Третья стадия исследований: была выдвинута дерзкая гипотеза, что большая часть Пятикнижия вообще не принадлежит Моисею. Первым сказал это английский философ Томас Гоббс в XVII веке. Гоббс сделал подборку ряда фактов и высказываний в Пятикнижии, которые несовместимы с Моисеевым авторством. Например, иногда текст констатирует: то-то и то-то продолжается «до сего дня». Однако «до сего дня» — это явно ретроспективный взгляд из более поздних времен. Это дело рук позднего автора, который описывает реалии, сохранившиеся до его дней.
Четыре года спустя французский кальвинист Исаак де Лапейрер прямо написал, что Моисей не был автором первых книг Библии. Он также отметил ряд проблем, в частности, слова «за Иорданом» в первом стихе Второзакония. Стих звучит так: «Сии суть слова, которые говорил Моисей всем израильтянам за Иорданом…» Проблема же следующая: данная формулировка предполагает, что автор находится на другой стороне Иордана по отношению к Моисею. Иными словами, автор находится в Израиле, к западу от Иордана, и пишет о Моисее, который стоит к востоку от Иордана. Однако согласно самому же Второзаконию, Моисею не суждено было пересечь Иордан… Книга де Лапейрера попала под запрет и сжигалась. Его самого арестовали и поставили условие: если он хочет выйти на свободу, он должен обратиться в католичество и покаяться в своих взглядах перед папой. Он выполнил это условие.
