В июле 1936 г. Ju 52/3mg3e впервые применили в боевых действиях — в Гражданской войне в Испании. Там некоторые машины подверглись интересным переделкам. Например, на одном самолете разместили неподвижный пулемет MG 17 в корневой части крыла. Огонь из него вел пилот, у которого поставили примитивный прицел.
Сравнительно немного Ju 52/3mg3e отправили на экспорт: три самолета продали в Австрию и десять — в Португалию. Австрийские машины после аншлюса вошли в состав Люфтваффе.
В Германии с 1937 г. Ju 52/3mg3e служили только как транспортные. Несколько самолетов переделали в штабные с 12 креслами в салоне. Отделка у них была попроще, чем у гражданских лайнеров, а кресла — пожестче.
В 1935 г. в Дессау перешли на выпуск модификации «g4е». На ней внедрили усиленное шасси, хвостовое колесо стало стандартным. Для перевозки грузов усилили пол салона и ввели люк в потолке по типу одномоторных Ju 52. Его крышка откидывалась вбок. С правого борта появился большой люк. Его створки разделялись по горизонтали. В открытом положении верхняя поднималась вертикально, а нижняя опускалась параллельно земле и подпиралась снизу подкосами, превращаясь в погрузочную площадку. Переднюю дверь для экипажа, делавшуюся ранее на военных «юнкерсах», ликвидировали.
Ju 52/3mg4e мог быть оборудован как «вспомогательный бомбардировщик», но на самом деле очень немногие машины оснастили подобным образом. В основном самолеты этого типа использовались как военно-транспортные.
В конце 1938 г. завод в Дессау прекратил выпуск Ju 52/3m. Почти одновременно перестала собирать эти самолеты и фирма «Везер». Это было связано с загрузкой этих предприятий другой продукцией. Зато расширили производство в Бернбурге и Лейпциге.
В 1939 г. три Ju 52/3mg4e продали в Швейцарию. Примерно в это же время завод «Винер Нойштадтер флюгцойгверке» в Австрии доработал некоторое количество старых Ju 52/3mg3e под стандарт типа «g4e». Эти машины сохранили переднюю дверь справа.
Военно-транспортные варианты
В 1939 г. появился Ju 52/3mg5e. В целом он был очень близок к «g4e». Новшеством стало внедрение моторов BMW 132Т-2 (830 л.с.) и антиобледенительной системы. Последняя отбирала горячие выхлопные газы от коллекторов моторов и направляла их вдоль передней кромки крыла. От обтекателей основных колес шасси отказались: существенной прибавки в скорости они не давали, зато увеличивали вес, а кроме того, забивались травой, грязью или снегом на полевых аэродромах, вызывая самопроизвольное торможение. Впервые для военного варианта предусмотрели альтернативные поплавковое и лыжное шасси. Поплавковые машины именовались Ju 52/3mg5eW или Ju 52/3mg5e (See). Вначале монтировали поплавки производства «Юнкере» водоизмещением 9,5 т, но ими оснастили очень немного самолетов. Все остальные получили поплавки «Хейнкель» водоизмещением 11 т.
