На 1943 г. ставилась задача получить 25 Ю-52. План перевыполнили: по документам ВВС гражданской авиации сдали 27 «юнкерсов». На 1 января в строю числились 29 Ю-52 (в том числе 21 исправный). Потеряли же всего один. 24 октября 1943 г. самолет с номером Л-37 упал и сгорел у станции Аша. Экипаж погиб.
По мере того, как менялась ситуация на фронте, трофеев становилось все больше. «Юнкерсы» продолжали поступать в ГВФ, восполняя сравнительно небольшие потери (в 1944 г. лишились трех самолетов, в 1945 г. — двух). Число машин постепенно росло, но уже никогда не было такого количественного скачка, как после Сталинградской битвы. На 1 июня 1944 г. их имелось 30, на 1 января 1945 г. — 31.
Согласно постановлению ГКО от 12 декабря 1944 г. все трофейные Ю-52 подлежали сдаче в ГВФ. Но имелись и исключения. Один «юнкере» довольно долго служил в санитарном отряде ВВС Балтийского флота. Три летающих тральщика эксплуатировались после войны на Черном море. Они уничтожали магнитные мины у побережья Крыма, в районе Одессы и в устье Дуная.
Но большая часть трофеев все-таки поступала в гражданскую авиацию. После капитуляции Германии в Советский Союз эшелонами погнали самолеты, моторы, различное оборудование и запасные части. К 1 октября 1945 г. парк ГВФ насчитывал уже 37 «юнкерсов». Из них пять совершенно исправных самолетов прибыли из Румынии — их изъяли по распоряжению союзной контрольной комиссии.
Теперь «юнкерсы» работали не только в Московском управлении. Уже с 1944 г. ГВФ, изрядно пополнивший свой состав Ли-2 и американскими С-47, мог себе позволить оснащать новыми машинами и тыловые подразделения. Они начали оттеснять Ю-52 на окраины страны. Семь самолетов отправили в Туркмению для перевозки серы. Им предстояло заменить устаревшие и предельно изношенные Г-2. Четыре Ю-52 работали там уже с конца 1944 г. Вернее, работали три — четвертый долго ждал новые моторы. Один из этих самолетов (пилота Борового) разбился 15 марта 1945 г. во время вынужденной посадки на двух моторах.
Две машины прибыли в Якутию. Два самолета в Таджикистане обслуживали линию на Куляб. Среди пилотов там работали две женщины. Одна из них, Комиссарова, погибла в катастрофе в 1945 г.
В Средней Азии мотоустановку Ю-52 подвергли доработке. Немецкие двигатели сильно страдали от песчаной пыли. Даже зимой поршневые кольца изнашивались за 15–20 летных часов. В первых числах июня 1945 г. на правый и средний моторы самолета Л-68 установили воздушные фильтры конструкции НИИ ГВФ. На левом по предложению местных умельцев всасывающий патрубок установили не под мотогондолой, а над нею. После успешных испытаний на линиях Ашхабад — Ташауз и Ашхабад — Дарваза на всех самолетах в Туркмении средние моторы оборудовали новыми всасывающими патрубками. Позднее появился другой вариант патрубка, опробованный на машине Л-35.
