Вывод испытателей гласил: «Несмотря на устарелую конструкцию самолета в целом, заслуживает особого внимания».
После испытаний начальник ВВС Алкснис отдал распоряжение: «Самолет сохранить как экспонат для дальнейшего изучения его работниками серийных самолетостроительных заводов и конструкторами этих заводов…» Машина поступила на завод № 156 в Москве, где ее разобрали, обмерили и тщательно изучили.
Пассажирские Ju 52/3m в Москве были не в новинку — они регулярно совершали посадки на Центральном аэродроме. Военные же машины вновь встретились нашим красноармейцам в Польше. Одну из них наши механики даже самостоятельно разобрали перед тем, как вернуть немцам.
После присоединения к Советскому Союзу республик Прибалтики в парк Прибалтийского управления ГВФ вошли два Ju 52/3m эстонской авиакомпании AGO. У нас их стали именовать Ю-52. Они некоторое время эксплуатировались на линии Рига — Великие Луки — Москва.
Самолеты Люфтваффе, так же, как советские, время от времени нарушали границу. Так, 28 июля 1940 г. одиночный «юнкере» прошел над Каунасом. На перехват поднялись два звена И-15бис из 31-го истребительного авиаполка. В районе Мариамполя немецкую машину настигли и дали несколько предупредительных очередей, после чего Ju 52/3m ушел в сторону границы.
В конце 1940 г. Советский Союз заказал в Германии 10 «юнкерсов» в грузовом варианте. В феврале — апреле следующего года три из них облетали и приняли. Но в СССР эти машины не поступили. Это было связано с тем, что делегация во главе с И.Ф. Петровым, ознакомившись в Германии с Ju 52/3m, переделанным в летающую лабораторию для испытания двигателей, попросила сдать в этом варианте пять из десяти заказанных машин. Фирма согласилась на доработку только одного самолета со сроком в октябре 1941 г.
После начала войны два прибалтийских «юнкерса» эвакуировали в Сибирь, где они использовались на воздушной магистрали Москва — Иркутск. 14 июля 1942 г. начальник ГУ ГВФ B.C. Молоков направил Сталину письмо с просьбой разрешить использовать в тылу трофейные немецкие самолеты. В октябре того же года к парку «Аэрофлота» добавился первый «юнкере», через месяц — еще один. Но из-за нехватки запчастей из четырех Ю-52 летать могли только два. Все четыре машины в это время числились за Западно-Сибирским управлением ГВФ (управление магистрали было расформировано).
Но в начале следующего года положение резко изменилось. Под Сталинградом захватили много немецких транспортных самолетов. С авиарембаз туда были направлены бригады для отбора и первичного ремонта машин. При ближайшем рассмотрении «юнкерсы» оказались не столь исправны, как показалось захватившим их пехотинцам и танкистам. Фюзеляжи, крылья и моторы находились на своих местах, но покрышки — пробиты, двигатели — неисправны, не хватало приборов и радиостанций. Да и длительное стояние под снегом на пользу технике не пошло.
