Вскоре в строй вошли шесть эскадрилий тральщиков, действовавших на Северном, Балтийском, Адриатическом и Черном морях, а также у Атлантического побережья Франции. После появления у противника мин с акустическими взрывателями эскадрильи стали состоять наполовину из машин с магнитными обмотками и наполовину— из носителей контейнеров «К».
Обычная тактика «мауси» выглядела так. Звено самолетов с магнитными обмотками шло клином на высоте от 10 до 40 м над водой. С интервалом 200 м за ними следовало звено с подрывными зарядами.
В ноябре 1943 г. Люфтваффе располагали 74 самолетами-тральщиками, объединенными в Минно-тральную группу. Советские летчики не раз встречали их над Черным морем в 1943–1944 гг. близ устья Дуная. В конце ноября 1943 г. Ил-2 сбил один Ju 52/3m (MS) в районе Очакова.
В апреле 1944 г. шесть самолетов этого типа направили в Венгрию, где они тралили Дунай. С начала 1945 г. большинство «мауси» были поставлены «на прикол» из-за нехватки горючего.
В Венгрию первые шесть Ju 52/3m попали в 1937 г. Они эксплуатировались авиакомпанией «Малерт». Во время войны их передали в ВВС, во 2-ю транспортную эскадрилью. Летом 1942 г. они работали на Дону, обеспечивая перевозки для 2-й венгерской армии. В сентябре к ним добавился переданный немцами один Ju 52/3mg7e. По большей части эти самолеты занимались эвакуацией раненых. В октябре 1944 г. пять венгерских «юнкерсов» сожгли на аэродроме Бергенд американские «мустанги». Последний остававшийся у венгров самолет в декабре того же года участвовал в перевозках в окруженный советскими войсками Будапешт.
В Румынию немцы продали в общей сложности 33 Ju 52/3m. Первые из них поступили в ноябре 1941 г. Зимой 1941/42 г. они попадались нашим летчикам под Сталинградом. Некоторые из них были сбиты. В начале 1944 г. «юнкерсы» вывозили румынских солдат и офицеров из блокированного Крыма. После перехода Румынии на сторону союзников в августе того же года румыны захватили немецкие самолеты, находившиеся на их аэродромах. Среди них было 11 Ju 52/3m; шесть из них позднее вывезли в СССР. В Румынии последние «юнкерсы» эксплуатировались до начала 1960-х гг.
Итальянские ВВС в 1940 г. реквизировали Ju 52/3mlu авиакомпании «Ала Литториа». Его использовали как военно-транспортный. В сентябре 1943 г. после переворота в Италии машину захватили немцы. Некоторое время она служила в «Люфтганзе».
Болгария в 1939 г. приобрела два Ju 52/ 3mg4e. Хотя они были зарегистрированы как гражданские, фактически их использовали ВВС. В 1943 г. к ним добавились два Ju 52/3mg10e. В сентябре 1944 г. Болгария объявила войну Германии. Месяцем позже группировка болгарских войск была окружена немцами в районе Ратунда-Дреняк.
