С февраля 1937 г. подразделения К88 начали перевооружаться новой техникой. В середине мая две эскадрильи уже летали на новых бомбардировщиках Не 111В. В последний раз «юнкерсы» активно применялись на севере страны в октябре (причем в дневное время), к концу месяца переоснащение группы завершилось.
Большую часть ставших излишними Ju 52/3m немцы передали франкистам, остальные использовали как транспортные самолеты. В середине августа 1938 г., по данным разведки республиканцев, у противника оставалось около 25 «юнкерсов». Точно известно, что на 23 декабря в двух группах ночных бомбардировщиков (1-G-22 и 2-G-22) насчитывалось 13 машин; еще три имелось у «Легиона Кондор».
Последний боевой вылет франкистские «юнкерсы» совершили 26 марта 1939 г. — в день, когда республиканское правительство капитулировало. В апреле все уцелевшие машины собрали на аэродроме в г. Леоне. Их оказалось 23. Всего, по различным источникам, в Испанию немцы отправили от 55 до 61 Ju 52/3m, включая две машины на поплавках.
Один самолет, захваченный республиканцами в конце 1936 г., в начале следующего года был доставлен в СССР, испытан и изучен.
В феврале 1930 г. «Люфтганза» и китайское правительство договорились об организации совместной авиакомпании «Евразия». С сентября 1934-го по сентябрь 1938 г. она получила девять Ju 52/3mge. Эти самолеты летали на внутренних и международных (в Юго-Восточную Азию) линиях. Экипажи комплектовались в основном из персонала «Люфтганзы». После нападения в июле 1937 г. Японии на Китай «Евразия» продолжала функционировать.
1 августа японская авиация уничтожила на аэродроме в Кунмине один из лайнеров компании К декабрю 1939 г. «Евразия» потеряла от действий противника и аварий еще четыре машины. После заключения в сентябре 1940 г. Тройственного пакта, создавшего «ось» Берлин — Рим — Токио, китайское правительство прекратило деятельность компании, но до августа 1941 г. ее самолеты и экипажи продолжали работать уже как состоявшие на правительственной службе.
В сентябре немцы отбыли из Китая, машины приняли экипажи китайских ВВС.
Самолеты использовались в качестве транспортных, в основном для перевозок высокопоставленных чиновников. Сам президент Чан Кайши неоднократно совершал на них поездки по стране. В частности, на одном Ju 52/3mge он летал на встречу с лидером коммунистов Мао Цзе Дуном.
Три китайских «юнкерса» были уничтожены японскими бомбардировщиками в Гонконге 8 декабря 1941 г. Когда списали последний китайский «юнкере» — неизвестно.
