Транспортный самолет Ju 52/3m — трехмоторный цельнометаллический свободно-несущий моноплан.
Фюзеляж прямоугольного сечения со скругленными углами. Делился на три части: носовую (с центральным двигателем), среднюю (включавшую пилотскую и грузопассажирскую кабины и выполненную зацело с центропланом) и хвостовую. У всех последних модификаций разъем между двумя последними секциями отсутствовал. В носовой части находились двигатель, его моторама, а за противопожарной перегородкой — маслобак. Обшивка была гладкой.
Основу каркаса остальной части фюзеляжа составляли четыре лонжерона, увязанные со шпангоутами-рамами и системой стрингеров из профилей. Все это закрывалось гофрированной несущей обшивкой.
В пилотской кабине пол был немного приподнят по сравнению с грузопассажирской. В левом кресле сидел пилот, в правом — бортмеханик. Между ними имелось откидное сиденье для радиста. Управление самолетом выполнялось двойным. На некоторых модификациях имелась отдельная наружная дверь в пилотскую кабину. На остальных вариантах в кабину можно было попасть только через грузопассажирский отсек.
Последний занимал всю среднюю часть самолета. По левому и правому бортам шли ряды прямоугольных окон. Вход — через дверь на левом борту. Грузы и носилки с ранеными вносились через большой люк с правой стороны. Он имелся на всех военных вариантах, кроме Ju 52/3mg3e. Створки грузового люка откидывались наружу вверх и вниз. Верхняя часть поднималась вертикально и фиксировалась, а начиная с типа «g10e» еще и складывалась пополам. Нижняя опускалась горизонтально и подпиралась подкосами, превращаясь в погрузочную площадку. Самолеты модификаций «g4e», «g5e» и «g6e» имели люк в потолке, открывавшийся изнутри. На «g3е» справа находилась вторая входная дверь. На Ju 52/3mg4e место этой двери занимала съемная панель, а начиная с машин типа «g6e» ликвидировали и ее.
