Для этой модификации выпускались семь стандартных наборов оборудования, которые могли монтироваться на заводе или непосредственно в воинской части. Установка того или иного комплекта отмечалась дополнительной буквой в обозначении самолета. Например, Ju 52/3mg8e (F) был машиной для высадки парашютных и посадочных десантов. Другими комплектами создавались подварианты: Н — учебный («летающий класс»), К — для перевозки контейнеров, N — многоцелевой грузовой, R — «рейсовый» (военный пассажирский), S — санитарный, St — специальный транспортный для переброски наземного состава ВВС, необходимого оборудования и запчастей.
Вооружение типов «gе.» и «g8e» первоначально совпадало. Ju 52/3mg8e ранних серий также не имели передней огневой точки. В ходе производства сначала внедрили ее, а затем заменили верхний пулемет сзади на крупнокалиберный (13-мм) MG 131.
Обе модификации строились параллельно в 1941–1942 гг. Чтобы скомпенсировать большие потери на фронте, немцы решили задействовать предприятия оккупированной Франции. Завод «Амио» в Коломбэ делал фюзеляжи и центропланы; консоли шасси и оперение изготовлял завод концерна SNCASO. Сборку вел завод «Бреге» в Виллакублэ. Первый самолет французского производства Люфтваффе приняли в июне 1942 г. До конца года там собрали 40 машин.
Модификации возникали также путем переделки самолетов более раннего выпуска. Партию Ju 52/3mg4e превратили в специализированные транспортники для эксплуатации в Северной Африке. На них смонтировали противопыльные фильтры и улучшили вентиляцию кабины. Такие машины именовались Ju 52/3mg4e (Trop) или Ju 52/3mg9e. Некоторые источники утверждают, что на них усилили шасси и смонтировали устройства для буксировки планеров.
На этом же театре боевых действий применяли Ju 52/3mg4e/Wa (последние две буквы — сокращение от немецкого «ваффентрегер» — «оруженосец»). Это были самолеты сопровождения с усиленным вооружением. К обычному комплекту «g4e» — двум пулеметам MG 15 (одному сверху и одному снизу) добавили экранированную турель под 20-мм пушку MG 151 и два MG 15 в боковых окнах. Дюжину самолетов переделал таким образом в 1941 г. завод «Везер». «Ваффентрегеры» шли в группе самолетов по краям строя.
В 1942 г. на смену основной модификации «g8e» пришла Ju 52/3mg10e. На ней опять вернулись к более узкому грузовому люку и пяти окнам на правом борту по типу «g4e». Но верхняя створка грузового люка теперь состояла из двух частей и при откидывании складывалась. Антиобледенители на этих машинах не устанавливались. Параллельно собирали самолеты типа «g11e», на которых тепловые антиобледенители сохранили.
