Администрация, невзирая на собственные строжайшие запреты, смотрела на отроческий разврат как на неизбежное и неискоренимое зло и не придавала ему особенного значения, пока не возникало угрозы громкого скандала. Известен, например, случай, когда в начале 1840-х годов не указанная «болезнь» стала причиной исключения ученика в назидание другим. Повод к этому дали встревоженные родственники, заметившие «порок» у своего подопечного и попросившие директора принять меры. Это событие вызвало бурю негодования среди воспитанников. «Что если бы весь свет вздумал так действовать — ведь, пожалуй, пол-России пришлось бы выгнать отовсюду из училищ, университетов, полков, монастырей, откуда угодно, все это в честь чистейшей доброй нравственности», — комментировал этот случай бывший правовед Стасов.
Еще более показателен случай, произошедший год спустя после окончания Чайковским училища. «Фигурантом» его оказался воспитанник III класса Владимир Зубов, брат одного из профессоров. Благодаря родству с преподавателем ему многое сходило с рук. Однажды стало известно, что во время летних каникул Зубов с приятелем изнасиловали воспитанника младших классов, некоего Фомина. По инициативе Танеева было созвано общее собрание старшего курса для обсуждения происшествия. Танеев признает, что настроение большинства участников склонялось в пользу виновных: «Я решился выгнать его во что бы то ни стало. Я занимался постановкою вопроса и ввел всех в заблуждение. Следовало поставить вопрос так: выгнать Зубова или нет. Я поставил вопрос так, что дело было решено заранее: подвергнуть Зубова нашему домашнему изгнанию или объявить о его поступке начальству. <…> Огромным большинством было решено не объявлять начальству, подвергнуть домашнему изгнанию». Его попытка добиться такого же наказания для соучастника преступления кончилась, однако, ничем: «Булгаков огромным большинством был оставлен». Далее Танеев сообщает: «Зубов в тот же вечер, как его судили, собрал свои вещи, уехал из училища и не возвращался. Исчезновение Зубова немедленно сделалось известным начальству. Времена были другие. Директор испугался. Он явился к нам (к нам, а не товарищам Зубова) и серьезно нас спрашивал, позволяем ли мы дать Зубову чин XIV класса. Мы сказали, что позволяем. Зубов получил XIV класс». В архиве училища сохранилось прошение матери воспитанника В. А. Зубова от 22 ноября 1860 года с просьбой уволить ее сына в связи с расстроенным здоровьем и необходимостью лечения.
