Зеньковский считает Гоголя самым загадочным русским писателем, истинное значение которого стало постепенно осознаваться лишь в XX в. В личности и творчестве писателя, по его словам, прослеживается не только противопоставление светской культуры и церкви, но и намечается выход из этого трагического положения. Зеньковский называет Гоголя «пророком православной культуры», ибо именно в творчестве Гоголя, ярче, чем у других русских религиозных мыслителей, выявилось «разложение морального и эстетического гуманизма» и была обоснована идея «воцерковления культуры». Не случайно в «Истории русской философии» он рассматривает Гоголя как предтечу славянофилов, А. С. Хомякова и И. В. Киреевского, стремившихся по–своему реализовать эту идею в учении о соборности.
Как исследователь русской мысли Зеньковский продолжает традиции духовно–академической школы, у истоков которой стояли В. Н. Воскресенский (архимандрит Гавриил), С. С. Гогоцкий, А. И. Введенский и другие. Главной чертой философских исканий в России он справедливо считает антропоцентризм, акцентирование внимания на проблемах человека, общества и истории, стремление к постижению органического единства «всех сторон реальности и всех движений человеческого духа», что проявилось прежде всего в своеобразном «панморализме», в ориентации на осмысление социальных и историософских вопросов. «Русская мысль, — отмечает он, — сплошь историософична, она постоянно обращена к вопросам о «смысле» истории, конце истории и т. п.».
В «Истории русской философии», в других работах Зеньковскому одному из первых на основе анализа огромного фактического материала удалось выявить органичную взаимосвязь национальных и европейских начал в развитии русской мысли, определить степень влияния на нее философских учений Запада, показать оригинальность и глубину философствования лучших ее представителей, таких, как Г. С. Сковорода и А. Н. Радищев, А. С. Хомяков и И. В. Киреевский, В. Г. Белинский и А. И. Герцен, Ф. М. Достоевский и Л. Н. Толстой, В. Соловьев и В. В. Розанов, и других.
Философский прогноз Зеньковского таков: Россия должна понять, что период ее «горделивого мессианского сознания» закончен. Возрождение ее может мыслиться только так: сначала российское, а затем уже вселенское. Отсюда понятно, почему к концу жизни он указывал на следующую актуальную для России задачу: «Пришла пора действенной сосредоточенности на себе», ибо мы «прежде всего для самих себя ищем правды». Обретение Россией «нашего пути, нашего призвания», по Зеньковскому, это и есть главное направление будущих исканий русской философии и культуры.
